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- PDB-8be9: Crystal structure of SOS1-HRas-peptidomimetic5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8be9
タイトルCrystal structure of SOS1-HRas-peptidomimetic5
要素
  • GTPase HRas
  • SOS1-HRas-peptidomimetic5
  • Son of sevenless homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / Stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / phospholipase C activator activity / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Interleukin-15 signaling ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / phospholipase C activator activity / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / oncogene-induced cell senescence / Activation of RAC1 / blood vessel morphogenesis / positive regulation of miRNA metabolic process / Signaling by LTK / positive regulation of ruffle assembly / epidermal growth factor receptor binding / T-helper 1 type immune response / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / leukocyte migration / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / eyelid development in camera-type eye / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / roof of mouth development / regulation of T cell proliferation / B cell homeostasis / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RET signaling / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / positive regulation of protein targeting to membrane / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / SHC1 events in ERBB4 signaling / Interleukin receptor SHC signaling / hair follicle development / adipose tissue development / Signalling to RAS / Signal attenuation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Schwann cell development / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / RAC1 GTPase cycle / myelination / EPHB-mediated forward signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / FCERI mediated Ca+2 mobilization / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway / Downstream signal transduction / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Insulin receptor signalling cascade / GTPase activator activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / axon guidance / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / T cell activation / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Histone-fold / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / GTPase HRas / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Fischer, B. / Wohlkonig, A. / Steyaert, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Nanobody Loop Mimetics Enhance Son of Sevenless 1-Catalyzed Nucleotide Exchange on RAS.
著者: Van Holsbeeck, K. / Fischer, B. / Gonzalez, S. / Gadais, C. / Versees, W. / Martins, J.C. / Martin, C. / Wohlkonig, A. / Steyaert, J. / Ballet, S.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.source_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: GTPase HRas
S: Son of sevenless homolog 1
P: SOS1-HRas-peptidomimetic5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,29020
ポリマ－81,5403
非ポリマー75117
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.410, 150.410, 200.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 RS

#1: タンパク質 GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 21046.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Son of sevenless homolog 1 / SOS-1


分子量: 59348.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド SOS1-HRas-peptidomimetic5


分子量: 1144.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 141分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium formate 3 M, Tris 100mM pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.509612595→48.655 Å / Num. obs: 39342 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 59.58 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.05
反射 シェル解像度: 2.51→2.66 Å / Num. unique obs: 6003 / CC1/2: 0.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BKD

1bkd


解像度: 2.51→48.65 Å / SU ML: 0.343 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.0444
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1965 5 %
Rwork0.19 37351 -
obs0.192 39316 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5037 0 126 124 5287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00895269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0137099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0557773
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.01391999
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.570.38361220.32872345X-RAY DIFFRACTION89.06
2.57-2.640.36281390.27932651X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.720.31071400.25222657X-RAY DIFFRACTION99.93
2.72-2.810.26851400.23062657X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.910.26841390.232639X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.020.31341400.24552669X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.160.3161400.25572653X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.330.26051410.22532684X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.540.19941410.19792678X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.810.21951420.1812689X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.190.18831420.16122694X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.80.17921420.14242709X-RAY DIFFRACTION100
4.8-6.040.23171450.17122746X-RAY DIFFRACTION100
6.04-48.650.19851520.17152880X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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