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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8be1 | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 RBD in complex with a Fab fragment of a neutralising antibody mRBD2 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / FAB / antibody / SARS-COV-2 / RBD / neutralising | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Lulla, A. / Brear, P. / Fischer, K. / Hollfelder, F. / Hyvonen, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Microfluidics-enabled fluorescence-activated cell sorting of single pathogen-specific antibody secreting cells for the rapid discovery of monoclonal antibodies 著者: Fischer, K. / Lulla, A. / So, T.Y. / Pereyra-Gerber, P. / Raybould, M.I.J. / Kohler, T.N. / Kaminski, T.S. / Yam-Puc, J.C. / Hughes, R. / Leiss-Maier, F. / Brear, P. / Matheson, N.J. / Deane, ...著者: Fischer, K. / Lulla, A. / So, T.Y. / Pereyra-Gerber, P. / Raybould, M.I.J. / Kohler, T.N. / Kaminski, T.S. / Yam-Puc, J.C. / Hughes, R. / Leiss-Maier, F. / Brear, P. / Matheson, N.J. / Deane, C.M. / Hyvonen, M. / Thaventhiran, J.E.D. / Hollfelder, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8be1.cif.gz | 254.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8be1.ent.gz | 201.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8be1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8be1_validation.pdf.gz | 493.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8be1_full_validation.pdf.gz | 509.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8be1_validation.xml.gz | 46 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8be1_validation.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/8be1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/8be1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3bgfS 6ym0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24907.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 抗体 | 分子量: 23851.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: タンパク質 | 分子量: 22074.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / プラスミド: pExp-Zbasic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2 #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis Tris Propane pH 6.5 0.2 M Potassium thiocyanate 20 % w/v PEG 3350 10 % v/v Ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.98→52.05 Å / Num. obs: 95377 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 59.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 1669839 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BGF, 6YM0 解像度: 1.98→39.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
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原子変位パラメータ | Biso mean: 64.95 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→39.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2 Å
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