[日本語] English
万見
- PDB-8be1: SARS-CoV-2 RBD in complex with a Fab fragment of a neutralising a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8be1
タイトルSARS-CoV-2 RBD in complex with a Fab fragment of a neutralising antibody mRBD2
要素
  • Antibody heavy chain
  • Antibody light chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB / antibody / SARS-COV-2 / RBD / neutralising
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Lulla, A. / Brear, P. / Fischer, K. / Hollfelder, F. / Hyvonen, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Microfluidics-enabled fluorescence-activated cell sorting of single pathogen-specific antibody secreting cells for the rapid discovery of monoclonal antibodies
著者: Fischer, K. / Lulla, A. / So, T.Y. / Pereyra-Gerber, P. / Raybould, M.I.J. / Kohler, T.N. / Kaminski, T.S. / Yam-Puc, J.C. / Hughes, R. / Leiss-Maier, F. / Brear, P. / Matheson, N.J. / Deane, ...著者: Fischer, K. / Lulla, A. / So, T.Y. / Pereyra-Gerber, P. / Raybould, M.I.J. / Kohler, T.N. / Kaminski, T.S. / Yam-Puc, J.C. / Hughes, R. / Leiss-Maier, F. / Brear, P. / Matheson, N.J. / Deane, C.M. / Hyvonen, M. / Thaventhiran, J.E.D. / Hollfelder, F.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antibody heavy chain
B: Antibody light chain
C: Spike protein S1
D: Antibody heavy chain
E: Antibody light chain
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,30123
ポリマ－141,6686
非ポリマー1,63317
水5,152286
1
A: Antibody heavy chain
B: Antibody light chain
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4109
ポリマ－70,8343
非ポリマー5766
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Antibody heavy chain
E: Antibody light chain
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,89014
ポリマ－70,8343
非ポリマー1,05711
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.47, 194.62, 62.09
Angle α, β, γ (deg.)90, 97.16, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: 抗体 Antibody heavy chain


分子量: 24907.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Antibody light chain


分子量: 23851.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22074.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: pExp-Zbasic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis Tris Propane pH 6.5 0.2 M Potassium thiocyanate 20 % w/v PEG 3350 10 % v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→52.05 Å / Num. obs: 95377 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 59.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 1669839 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.98-2.0317.29.62812225671030.3292.3789.9220.3100
8.85-52.0516.60.0411802610870.9990.0110.04262.299.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BGF, 6YM0

3bgf

6ym0


解像度: 1.98→39.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.183
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 4526 -RANDOM
Rwork0.2475 ---
obs0.2492 93639 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0873 Å20 Å24.3613 Å2
2---10.6259 Å20 Å2
3---8.5387 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→39.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9495 0 85 286 9866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0119813HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9913358HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3211SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1632HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9813HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1278SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7106SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.9
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4468 90 -
Rwork0.4147 --
obs0.4163 1873 66.1 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る