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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8bdg | |||||||||||||||
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| Title | Tubulin-taxane-2b complex | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.35 Å | |||||||||||||||
Authors | Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Ma, Y. / Estevez-Gallego, J. / Li, S. / Bargsten, K. / Altmann, K.H. / Gaillard, N. / Kamimura, S. / Muehlethaler, T. ...Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Ma, Y. / Estevez-Gallego, J. / Li, S. / Bargsten, K. / Altmann, K.H. / Gaillard, N. / Kamimura, S. / Muehlethaler, T. / Gago, F. / Oliva, M.A. / Steinmetz, M.O. / Fang, W.S. / Diaz, J.F. | |||||||||||||||
| Funding support | Switzerland, Spain, European Union, 4items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2023Title: Structural insight into the stabilization of microtubules by taxanes. Authors: Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Ma, Y. / Estevez-Gallego, J. / Li, S. / Bargsten, K. / Josa-Prado, F. / Altmann, K.H. / Gaillard, N. / Kamimura, S. / Muhlethaler, T. / Gago, F. / Oliva, M.A. ...Authors: Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Ma, Y. / Estevez-Gallego, J. / Li, S. / Bargsten, K. / Josa-Prado, F. / Altmann, K.H. / Gaillard, N. / Kamimura, S. / Muhlethaler, T. / Gago, F. / Oliva, M.A. / Steinmetz, M.O. / Fang, W.S. / Diaz, J.F. | |||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8bdg.cif.gz | 894.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8bdg.ent.gz | 738.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8bdg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8bdg_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8bdg_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 8bdg_validation.xml.gz | 75.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 8bdg_validation.cif.gz | 101.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bdg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8bdeC ![]() 8bdfC ![]() 5lxtS ![]() 7a7f ![]() 7a7i S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 3 molecules ACE
| #1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Tubulin beta-2B ... , 2 types, 3 molecules BDF
| #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 179 molecules 












| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-MES / | #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.69 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.7 Details: 2-4% PEG 4K, 2-10% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.91501 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: May 25, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.91501 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.35→49.368 Å / Num. obs: 125172 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 54.879 % / Biso Wilson estimate: 56.92 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 27.8 / Num. measured all: 6869262 / Scaling rejects: 1348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: 5lxt Resolution: 2.35→49.368 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.83 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 374.86 Å2 / Biso mean: 76.1165 Å2 / Biso min: 29.76 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→49.368 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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