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- PDB-8bde: Tubulin-baccatin III complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bde
タイトルTubulin-baccatin III complex
要素
  • (Tubulin beta-2B ...) x 2
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
キーワードCELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. ...Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-R3Q / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Ma, Y. / Estevez-Gallego, J. / Li, S. / Bargsten, K. / Altmann, K.H. / Gaillard, N. / Kamimura, S. / Muehlethaler, T. ...Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Ma, Y. / Estevez-Gallego, J. / Li, S. / Bargsten, K. / Altmann, K.H. / Gaillard, N. / Kamimura, S. / Muehlethaler, T. / Gago, F. / Oliva, M.A. / Steinmetz, M.O. / Fang, W.S. / Diaz, J.F.
資金援助 スイス, スペイン, European Union, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_166608 スイス
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities2019-104545RB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesCOV20/01007 スペイン
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission2019 860070European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the stabilization of microtubules by taxanes.
著者: Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Ma, Y. / Estevez-Gallego, J. / Li, S. / Bargsten, K. / Josa-Prado, F. / Altmann, K.H. / Gaillard, N. / Kamimura, S. / Muhlethaler, T. / Gago, F. / Oliva, M.A. ...著者: Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Ma, Y. / Estevez-Gallego, J. / Li, S. / Bargsten, K. / Josa-Prado, F. / Altmann, K.H. / Gaillard, N. / Kamimura, S. / Muhlethaler, T. / Gago, F. / Oliva, M.A. / Steinmetz, M.O. / Fang, W.S. / Diaz, J.F.
履歴
登録2022年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin beta-2B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,05320
ポリマ－261,6316
非ポリマー3,42214
水15,475859
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22550 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area79070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.100, 157.150, 179.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ACE

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
Tubulin beta-2B ... , 2種, 3分子 BDF

#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#4: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 873分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-R3Q / [(1~{S},2~{S},3~{R},4~{S},7~{R},9~{S},10~{S},12~{R},15~{S})-4,12-diacetyloxy-10,14,16,16-tetramethyl-1,9,15-tris(oxidanyl)-11-oxidanylidene-6-oxatetracyclo[11.3.1.0^{3,10}.0^{4,7}]heptadec-13-en-2-yl] benzoate / Baccatin III / O-De[(2R,3S)-3-(Benzoylamino)-2-hydroxy-3-phenylpropanoyl]paclitaxel / バッカチンIII


分子量: 586.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H38O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: 2-4% PEG 4K, 2-10% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.195 Å / Num. obs: 229672 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.537 % / Biso Wilson estimate: 41.71 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 16.49 / Num. measured all: 3109004 / Scaling rejects: 400
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.9512.4284.9190.5420854216822167800.1785.13199.8
1.95-2.0113.8823.5550.8122857816473164660.3253.69100
2.01-2.0613.7432.5891.1221880115924159210.4572.688100
2.06-2.1313.0061.9381.4620245415568155660.5792.018100
2.13-2.214.0211.4162.0821066415029150250.7291.469100
2.2-2.2714.1931.0752.7620744014619146160.8151.115100
2.27-2.3614.1270.8143.6219891614081140810.890.844100
2.36-2.4613.9290.64.8718904613574135720.9360.623100
2.46-2.5613.6830.4496.3617765812984129840.9610.466100
2.56-2.6912.7950.3288.2815953712470124690.9750.342100
2.69-2.8413.8070.24311.5316381711865118650.9880.253100
2.84-3.0113.6580.16716.2415334711229112280.9940.173100
3.01-3.2213.0890.10922.8713858810589105880.9970.114100
3.22-3.4714.2060.07433.51140244987298720.9990.077100
3.47-3.813.9760.0545.91127186910091000.9990.052100
3.8-4.2513.4420.03858.311112158275827410.039100
4.25-4.9112.410.02967.1910767339733910.031100
4.91-6.0213.2820.0368.39827216230622810.032100
6.02-8.5112.9450.02676.42634164900489910.027100
8.51-49.19512.7750.02194.91357582823279910.02299.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt


解像度: 1.902→49.195 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1999 87 %
Rwork0.1919 227655 -
obs0.1921 229654 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 199.37 Å2 / Biso mean: 58.9316 Å2 / Biso min: 23.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.902→49.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17246 0 212 859 18317
Biso mean--64.12 56.15 -
残基数----2178
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9021-1.94970.38541400.407116032
1.9497-2.00240.3381420.350616141
2.0024-2.06130.33211410.316116084
2.0613-2.12780.31451420.291116184
2.1278-2.20390.2911420.261816131
2.2039-2.29210.26161420.235516162
2.2921-2.39640.24851420.223416176
2.3964-2.52280.2341430.211116230
2.5228-2.68080.23211420.20516233
2.6808-2.88780.23991420.205516259
2.8878-3.17840.21481440.196516281
3.1784-3.63820.20141430.180416357
3.6382-4.58320.19841450.148216489
4.5832-49.1950.17791490.165116896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8005-0.2307-0.67860.9013-0.44611.06950.05250.08720.1551-0.35150.139-0.1151-0.69120.10980.00010.6874-0.04720.06490.3731-0.09410.411927.955695.766251.3244
20.4508-0.5474-0.20740.90750.54421.2524-0.03210.1638-0.075-0.24320.2807-0.2821-0.27820.43570.00120.3628-0.09560.10140.4322-0.18290.405337.153880.680750.2948
30.2296-0.1674-0.25330.59240.00990.233-0.0566-0.0937-0.01120.24910.1208-0.09510.11470.21090.00010.37720.00650.00120.3915-0.14730.382730.195973.67759.0986
40.8378-0.5561-0.66011.37050.20912.05470.09080.00360.04350.2392-0.01260.0157-0.19360.046800.34350.02060.02520.3068-0.09830.37720.98583.831964.5873
50.23590.1863-0.04310.2980.1630.31950.2328-0.0533-0.16690.4514-0.28320.68380.1741-0.3005-0.03550.51030.01160.13650.4848-0.17420.56399.155783.80171.7041
60.38880.18420.07711.73810.89861.64470.0016-0.09810.00550.51230.02730.03060.17660.0599-0.00010.42050.01540.04210.3249-0.08130.326323.159476.501969.7439
71.75080.23390.40920.7981-0.00361.17210.09660.28340.296-0.3398-0.13560.1269-0.43480.0036-00.39840.02050.01590.3406-0.02110.360520.090265.342817.9709
80.7346-0.006-0.05491.32230.86912.40820.0257-0.11320.06180.1142-0.11460.1092-0.0631-0.1641-0.01110.22750.0060.0380.3255-0.11650.356118.037655.428428.6206
90.6431-0.18480.49050.97390.12421.3499-0.2174-0.216-0.16350.2705-0.03040.30.0875-0.7133-0.00040.39570.04930.0660.64-0.19520.47275.308358.69441.846
100.661-0.09880.89480.22030.17671.4888-0.0168-0.12520.11150.3476-0.10680.04720.0976-0.4174-0.00740.3314-0.04480.11740.3963-0.09560.367212.475851.245739.1889
110.24170.35770.12260.70560.07730.18930.13-0.0599-0.29860.40190.0001-0.2140.52950.4450.00130.394-0.0223-0.05240.3629-0.03670.330326.005937.515930.8862
120.99240.0157-0.08291.180.24841.2961-0.03840.09940.0678-0.13990.0930.0067-0.08670.04600.2402-0.0370.02460.3066-0.03890.300117.367131.4877-10.8965
130.9542-0.41470.12291.43721.09131.3513-0.0267-0.06540.0980.1437-0.03620.04960.1359-0.1691-0.00010.2483-0.06140.04890.2909-0.02210.3078.749625.47445.3316
140.62890.05920.36780.28890.18990.2801-0.17940.61410.1188-0.36160.14460.07750.0381-0.148900.5109-0.08690.02540.6826-0.04340.391515.318111.5906-41.1989
151.0129-0.1588-0.11350.7775-0.26610.7726-0.11350.7060.167-0.42060.2389-0.28370.05650.2660.01490.5316-0.0660.13370.7522-0.20160.410127.94893.7196-44.9031
160.9910.1438-0.23070.9829-0.15361.2667-0.10670.2941-0.156-0.22370.1359-0.14440.29880.076-0.00480.4245-0.03350.04590.4431-0.17680.376619.8516-3.7981-31.8486
171.39-0.3933-0.06620.95550.19721.6636-0.12460.2257-0.21630.00990.04610.20370.2642-0.3194-0.00010.4501-0.10340.01920.4396-0.10940.4137.1841-3.0676-22.4997
180.861-0.22860.14081.06330.25590.7973-0.12430.1341-1.01480.28050.024-0.09381.10120.14070.33690.64690.17530.02770.4207-0.35470.663730.5258-17.3378-25.0957
190.48070.32340.31760.42890.41950.3638-0.0639-0.07470.26990.26480.0964-0.3609-0.1450.4734-0.0010.87440.0244-0.03460.5198-0.15430.52627.569492.333681.798
20-0.0045-0.1063-0.2268-0.0590.09370.18920.009-0.0215-0.04550.33170.443-0.45340.39660.57380.02570.39190.06550.01530.6122-0.26950.552743.043728.63154.7347
211.0457-0.1368-1.02280.40610.33090.978-0.44650.4323-0.3933-0.08560.1155-0.21410.7831-0.2218-0.03160.8893-0.1270.13470.5198-0.15450.54626.433954.161569.9088
220.0756-0.04380.06250.0746-0.0010.07030.0528-0.61410.33480.2471-0.0444-0.32830.08640.83490.00010.73240.0229-0.00490.8947-0.01010.611811.03665.514397.424
230.06460.01860.05470.01950.05420.06140.0601-0.5603-0.35460.4447-0.2904-0.74720.56331.1831-0.00020.93560.2593-0.10181.56980.22620.989620.800956.4417107.6099
241.36680.0649-0.72030.2030.18970.5233-0.4552-0.0515-0.49910.05450.0368-0.0360.8226-0.0142-0.00270.86530.04640.15320.41570.11920.607-1.976752.870696.9176
250.5095-0.6202-0.12630.9513-0.30820.8987-0.46120.0545-1.10910.22410.0712-0.09451.1487-0.0263-1.05291.30830.18010.34260.44080.20391.0876-1.933943.7561104.1102
261.7868-0.3063-1.33270.20690.0621.1344-0.23230.1384-0.2660.02460.2311-0.07570.41040.0144-0.00020.7539-0.02070.06950.45460.00340.4916-0.99359.547587.4011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 88 )A1 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 160 )A89 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 199 )A161 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 273 )A200 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 274 through 311 )A274 - 311
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 312 through 437 )A312 - 437
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 127 )B1 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 128 through 259 )B128 - 259
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 260 through 338 )B260 - 338
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 339 through 401 )B339 - 401
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 402 through 438 )B402 - 438
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 243 )C1 - 243
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 244 through 440 )C244 - 440
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 56 )D1 - 56
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 57 through 140 )D57 - 140
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 141 through 268 )D141 - 268
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 269 through 399 )D269 - 399
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 400 through 441 )D400 - 441
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 6 through 46 )E6 - 46
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 47 through 141 )E47 - 141
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 66 )F1 - 66
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 67 through 96 )F67 - 96
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 97 through 184 )F97 - 184
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 185 through 223 )F185 - 223
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 224 through 283 )F224 - 283
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 284 through 380 )F284 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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