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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bd5 | |||||||||||||||
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タイトル | Cas12k-sgRNA-dsDNA-S15-TniQ-TnsC transposon recruitment complex | |||||||||||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / Cas12k / sgRNA / S15 / TniQ / TnsC / CRISPR-Cas / Tn7-like transposons / transposition | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() mRNA base-pairing translational repressor activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
![]() | Schmitz, M. / Querques, I. / Oberli, S. / Chanez, C. / Jinek, M. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the assembly of the type V CRISPR-associated transposon complex. 著者: Michael Schmitz / Irma Querques / Seraina Oberli / Christelle Chanez / Martin Jinek / ![]() 要旨: CRISPR-Cas systems have been co-opted by Tn7-like transposable elements to direct RNA-guided transposition. Type V-K CRISPR-associated transposons rely on the concerted activities of the ...CRISPR-Cas systems have been co-opted by Tn7-like transposable elements to direct RNA-guided transposition. Type V-K CRISPR-associated transposons rely on the concerted activities of the pseudonuclease Cas12k, the AAA+ ATPase TnsC, the Zn-finger protein TniQ, and the transposase TnsB. Here we present a cryo-electron microscopic structure of a target DNA-bound Cas12k-transposon recruitment complex comprised of RNA-guided Cas12k, TniQ, a polymeric TnsC filament and, unexpectedly, the ribosomal protein S15. Complex assembly, mediated by a network of interactions involving the guide RNA, TniQ, and S15, results in R-loop completion. TniQ contacts two TnsC protomers at the Cas12k-proximal filament end, likely nucleating its polymerization. Transposition activity assays corroborate our structural findings, implying that S15 is a bona fide component of the type V crRNA-guided transposon machinery. Altogether, our work uncovers key mechanistic aspects underpinning RNA-mediated assembly of CRISPR-associated transposons to guide their development as programmable tools for site-specific insertion of large DNA payloads. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 626.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 507.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 146.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15975MC ![]() 8bd4C ![]() 8bd6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 10分子 AEFGHIJKQX
#1: タンパク質 | 分子量: 79156.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#5: タンパク質 | 分子量: 31444.617 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 19011.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 B
#2: RNA鎖 | 分子量: 82376.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#3: DNA鎖 | 分子量: 14916.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 15125.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 16分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-ATP / #9: 化合物 | ChemComp-MG / #10: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Target DNA bound Cas12k-sgRNA-S15-TniQ-TnsC transposon recruitment complex タイプ: COMPLEX / 詳細: Cas12k, sgRNA, target DNA, S15, TniQ, TnsC / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 67.68 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1.2 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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