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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bbq | ||||||
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タイトル | Determination of the structure of active tyrosinase from bacterium Verrucomicrobium spinosum | ||||||
![]() | Core tyrosinase | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Tyrosinase / Copper / Verrucomicrobium spinosum / PPO | ||||||
機能・相同性 | COPPER (II) ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fekry, M. / Dave, K. / Badgujar, D. / Aurelius, O. / Hamnevik, E. / Dobritzsch, D. / Danielson, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Tyrosinase from Verrucomicrobium spinosum Reveals It to Be an Atypical Bacterial Tyrosinase. 著者: Fekry, M. / Dave, K.K. / Badgujar, D. / Hamnevik, E. / Aurelius, O. / Dobritzsch, D. / Danielson, U.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36757.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CU / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% w/v PEG5000MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→115.2 Å / Num. obs: 62664 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.56 Å / Num. unique obs: 3134 / CC1/2: 0.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4Z11, 4Z12, 5CE9 解像度: 1.43→115.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.24 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.81 Å2 / Biso mean: 15.556 Å2 / Biso min: 8.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.43→115.2 Å
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: ens_1 / 数: 11816 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.43→1.56 Å / Rfactor Rfree error: 0
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