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- PDB-8bb4: Structure of human WDR5 and pVHL:ElonginC:ElonginB bound to PROTA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bb4
タイトルStructure of human WDR5 and pVHL:ElonginC:ElonginB bound to PROTAC with C3 linker
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • WD repeat-containing protein 5
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / E3-Ligase / WDR5 / VHL / Elongin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / VCB complex / Set1C/COMPASS complex / elongin complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / VCB complex / Set1C/COMPASS complex / elongin complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cardiogenesis / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / histone acetyltransferase complex / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / : / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of autophagy / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / gluconeogenesis / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / mitotic spindle / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / HATs acetylate histones / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / histone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / WD domain, G-beta repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q3R / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / WD repeat-containing protein 5 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kraemer, A. / Doelle, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Tracking the PROTAC degradation pathway in living cells highlights the importance of ternary complex measurement for PROTAC optimization.
著者: Schwalm, M.P. / Kramer, A. / Dolle, A. / Weckesser, J. / Yu, X. / Jin, J. / Saxena, K. / Knapp, S.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Elongin-B
O: Elongin-C
P: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
Q: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7895
ポリマ－76,7914
非ポリマー9981
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.786, 184.506, 47.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 IOPQ

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 11043.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 35296.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964

-
非ポリマー , 2種, 59分子

#5: 化合物 ChemComp-Q3R / ~{N}-[5-[4-[[4-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-4-oxidanylidene-butyl]carbamoyl]phenyl]-2-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-6-oxidanyl-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carboxamide


分子量: 998.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H58F3N9O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 21-28% PEG 3350 0.4 M KSCN 0.1 M HEPES pH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→184.51 Å / Num. obs: 19494 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 38524
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.9520.459561928320.7070.4590.651.2100
8.85-184.511.90.02612466460.9970.0260.03724.199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.416
最高解像度最低解像度
Rotation92.25 Å2.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.9データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Q2J

7q2j


解像度: 2.8→92.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 43.624 / SU ML: 0.388 / SU R Cruickshank DPI: 0.3222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 888 4.6 %RANDOM
Rwork0.2027 ---
obs0.2062 18571 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.62 Å2 / Biso mean: 48.286 Å2 / Biso min: 7.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.81 Å20 Å22.42 Å2
2---2.27 Å20 Å2
3----1.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→92.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4948 0 71 58 5077
Biso mean--43.55 31.5 -
残基数----636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0125140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0164647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.646996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4331.58110828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3115630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.423525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.410832
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021012
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 65 -
Rwork0.331 1344 -
all-1409 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9093-1.2510.31563.7171-0.63692.0493-0.05510.07540.43670.0366-0.0226-0.1177-0.26240.11910.07770.2537-0.06550.02880.0471-0.01720.2959.629744.268930.646
24.8208-1.06271.90336.9918-1.37854.73070.0352-0.35930.4903-0.22370.03330.8242-0.1103-0.5807-0.06860.26720.03130.08320.0795-0.02190.2256-0.907731.031837.4508
32.9518-0.0194-1.96342.8480.94536.40810.04370.08640.1830.0859-0.06050.1152-0.1426-0.23550.01680.13980.00840.04760.00940.00630.13128.01325.316931.9467
40.99050.10151.19151.39630.98245.92190.1014-0.0864-0.19140.0697-0.00510.13850.3311-0.233-0.09630.230.00680.10070.01680.01750.14999.02549.143813.7636
52.07530.6453-0.19613.5987-0.27261.3364-0.05550.0802-0.1411-0.35690.018-0.305-0.1648-0.00020.03750.4334-0.01630.08050.017-0.05940.244912.9261-22.7646-11.7505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1I1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2O17 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3O57 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4P62 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5Q33 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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