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- PDB-8bay: Crystal Structure of IDH1 variant R132C S280F in complex with NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bay
タイトルCrystal Structure of IDH1 variant R132C S280F in complex with NADPH, Ca2+ and 3-butyl-2-oxoglutarate
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / tertiary granule lumen / peroxisome / NADP binding / secretory granule lumen / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / (S)-3-butyl-2-oxopentanedioic acid / (R)-3-butyl-2-oxopentanedioic acid / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Rabe, P. / Schofield, C.J. / Reinbold, R. / Brewitz, L.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V001892/1 英国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R506655/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Natural and synthetic 2-oxoglutarate derivatives are substrates for oncogenic variants of human isocitrate dehydrogenase 1 and 2.
著者: Liu, X. / Reinbold, R. / Liu, S. / Herold, R.A. / Rabe, P. / Duclos, S. / Yadav, R.B. / Abboud, M.I. / Thieffine, S. / Armstrong, F.A. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,42220
ポリマ－143,3923
非ポリマー4,03017
水4,035224
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,25113
ポリマ－95,5952
非ポリマー2,65611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9840 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area31050 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,34314
ポリマ－95,5952
非ポリマー2,74812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area9880 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area32620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.540, 275.780, 116.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase


分子量: 47797.406 Da / 分子数: 3 / 変異: R132C, S280F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 6種, 241分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-QDC / (R)-3-butyl-2-oxopentanedioic acid / (3~{R})-3-butyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid


分子量: 202.204 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-QD8 / (S)-3-butyl-2-oxopentanedioic acid / (3~{S})-3-butyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid


分子量: 202.204 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % / 解説: Plates, 100 um x 300 um
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15-20 % PEG 3350, Calcium acetate hydrate, BISTRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryogenic / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→58.44 Å / Num. obs: 67110 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 57.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.35-2.4111.51.8071.248960.6030.5441.8999.5
10.51-58.4412.40.0368430.99999.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KZO

4kzo


解像度: 2.35→46.81 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 3297 4.92 %
Rwork0.2007 63763 -
obs0.2018 67060 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.8 Å2 / Biso mean: 67.4305 Å2 / Biso min: 39.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→46.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9599 0 261 225 10085
Biso mean--77.74 61.61 -
残基数----1236
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.380.35661330.32792601273499
2.38-2.420.33251320.298326232755100
2.42-2.460.32511280.289926282756100
2.46-2.50.36451550.320226342789100
2.5-2.540.3361280.312426352763100
2.54-2.590.34851350.302426222757100
2.59-2.640.35881270.273326582785100
2.64-2.690.28421310.277226312762100
2.69-2.750.30471450.25426222767100
2.75-2.810.30291380.253126362774100
2.81-2.880.2771130.2526632776100
2.88-2.960.3091450.247126372782100
2.96-3.050.24661480.248526172765100
3.05-3.150.25721350.267226452780100
3.15-3.260.26771410.23226622803100
3.26-3.390.29931330.219526542787100
3.39-3.540.25511360.205126542790100
3.54-3.730.1911350.199726622797100
3.73-3.960.21161090.188727032812100
3.96-4.270.15911370.16326722809100
4.27-4.70.1641550.140226732828100
4.7-5.380.17991510.151726752826100
5.38-6.770.21561520.184827172869100
6.77-46.810.17011550.167628392994100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6268-0.1270.42483.40710.33361.3677-0.11760.12680.1121-0.407-0.14250.0934-0.27790.03830.26250.617-0.0431-0.09790.41110.0660.587618.3183317.042534.6756
21.1624-0.85420.0312.946-0.95892.1456-0.14240.16420.41570.0939-0.16-0.6854-0.25840.4740.26340.4288-0.065-0.14390.45470.08750.703833.929310.185553.2041
31.6883-0.2768-0.51292.25380.40931.771-0.03470.13180.2008-0.5885-0.21650.1832-0.58110.00880.23420.9209-0.0466-0.27270.41020.09140.742916.2235330.958235.6452
42.4725-0.73320.53171.56060.5651.37530.1449-0.11-0.1214-0.3225-0.07080.0835-0.18970.09-0.06950.73890.0277-0.03840.3460.01570.481729.3057311.180980.2892
55.3161-2.4128-3.814.48831.80735.9805-0.09870.14410.00690.28020.1290.01920.4782-0.0581-0.02880.49380.0468-0.10620.42290.09340.528628.0627292.679756.3725
60.8925-0.1181-0.07071.0464-0.36622.282-0.1854-0.08910.01660.2980.0040.2202-0.2517-0.29040.13950.54110.0191-0.09960.39650.01130.629913.8908309.167161.7082
72.87180.9917-1.16648.8933-0.80533.25240.0089-0.20960.1379-1.03030.1704-0.6634-0.5370.1664-0.23920.81510.0004-0.00590.4241-0.04960.554824.6367324.926884.9399
82.3945-0.124-0.5161.09860.20171.63190.112-0.1910.32080.0842-0.0657-0.2584-0.3950.5347-0.05450.4013-0.1315-0.01060.60130.00130.472429.2913284.669921.9931
91.98760.6824-0.63130.5731-0.20911.1581-0.0868-0.1384-0.17240.02710.0256-0.07380.21910.04460.07210.40240.01-0.00390.47050.03870.47635.814267.3435.0975
104.7684-0.5982-0.1761.551-0.45362.9320.25550.11270.19970.041-0.13790.1008-0.20090.128-0.04970.4056-0.05730.02180.4336-0.03380.389615.1549283.902823.5994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 133 )A3 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 284 )A134 - 284
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 285 through 416 )A285 - 416
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 133 )B3 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 134 through 164 )B134 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 165 through 296 )B165 - 296
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 297 through 415 )B297 - 415
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 133 )C3 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 134 through 285 )C134 - 285
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 286 through 417 )C286 - 417

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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