PDB-8bar: E. coli C7 DarT1 in complex with ADP-ribosylated ssDNA and nicoti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bar

タイトル

E. coli C7 DarT1 in complex with ADP-ribosylated ssDNA and nicotinamide

要素

DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*C)-3')
E. coli C7 DarT1

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / NICOTINAMIDE / DNA

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for the reversible ADP-ribosylation of guanosine bases.
著者: Schuller, M. / Raggiaschi, R. / Mikolcevic, P. / Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Zhang, Y. / Ledermann, R. / Tang, C. / Mikoc, A. / Ahel, I.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bar.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bar.ent.gz	87.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bar.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bar_validation.pdf.gz	717.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bar_full_validation.pdf.gz	718.5 KB	表示
XML形式データ	8bar_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	8bar_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bar	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8baqC 8basC 8batC 8bauC 7omzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E. coli C7 DarT1

D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*C)-3')

ヘテロ分子

26.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.759, 61.759, 215.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質	E. coli C7 DarT1 分子量: 24180.104 Da / 分子数: 1 / 変異: E152A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: C3F40_23400 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(APAPGPAPC)-3') 分子量: 1513.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli* (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 365分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₂O / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 4.0 M Sodium formate, 0.1 M Tris pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976277 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976277 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→61.74 Å / Num. obs: 53204 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 1.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2567 / CC_1/2: 0.701 / R_pim(I) all: 0.551 / R_rim(I) all: 1.677 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OMZ

7omz

解像度: 1.63→46.832 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 2.764 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1779	2675	5.038 %
R_work	0.155	50422	-
all	0.156	-	-
obs	-	53097	99.891 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.661 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.706 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.706 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.412 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→46.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1704	101	72	356	2233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.889	1.671	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.624	1.559	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.197	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.676	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.339	10	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.748	10	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	909
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	959
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.313	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.823	2.19	839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.824	2.189	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.424	3.276	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.423	3.277	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.09	2.484	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.089	2.485	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.469	3.6	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.468	3.601	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.292	36.219	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.874	32.058	2267

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.63-1.672	0.287	219	0.29	3593	0.29	3843	0.936	0.933	99.1933	0.29
1.672-1.718	0.29	185	0.262	3581	0.264	3767	0.935	0.948	99.9734	0.261
1.718-1.768	0.274	191	0.24	3459	0.242	3650	0.952	0.961	100	0.233
1.768-1.822	0.244	179	0.213	3379	0.215	3558	0.966	0.97	100	0.203
1.822-1.882	0.233	157	0.188	3265	0.19	3424	0.971	0.978	99.9416	0.176
1.882-1.948	0.212	141	0.176	3209	0.177	3351	0.973	0.98	99.9702	0.161
1.948-2.021	0.205	165	0.157	3059	0.159	3224	0.977	0.984	100	0.141
2.021-2.103	0.178	161	0.144	2951	0.146	3112	0.98	0.987	100	0.132
2.103-2.197	0.181	144	0.142	2870	0.144	3014	0.978	0.987	100	0.13
2.197-2.304	0.176	119	0.138	2757	0.14	2877	0.981	0.988	99.9652	0.127
2.304-2.428	0.169	149	0.132	2579	0.134	2736	0.982	0.989	99.7076	0.122
2.428-2.575	0.161	118	0.133	2498	0.134	2618	0.984	0.989	99.9236	0.123
2.575-2.752	0.16	130	0.138	2307	0.139	2438	0.984	0.989	99.959	0.131
2.752-2.972	0.179	125	0.151	2169	0.153	2294	0.98	0.986	100	0.144
2.972-3.254	0.181	124	0.163	2013	0.164	2138	0.983	0.986	99.9532	0.158
3.254-3.636	0.174	108	0.151	1846	0.152	1955	0.985	0.988	99.9488	0.149
3.636-4.194	0.144	87	0.12	1635	0.121	1722	0.989	0.992	100	0.118
4.194-5.126	0.144	79	0.124	1418	0.125	1497	0.991	0.993	100	0.123
5.126-7.207	0.19	45	0.178	1142	0.178	1187	0.983	0.986	100	0.176
7.207-46.832	0.165	49	0.204	692	0.202	747	0.986	0.974	99.1968	0.198

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6535	0.0341	-0.4256	0.8551	0.0305	0.96	-0.0356	-0.0473	-0.0113	0.064	0.0521	-0.0307	-0.0022	0.0782	-0.0166	0.0236	0.0102	0.0063	0.0117	-0.0001	0.0052	-9.2452	8.151	-34.0325
2	1.7472	0.0016	-0.9561	0.4264	1.067	3.1985	0.1217	0.1072	0.1657	-0.1162	0.0605	-0.039	-0.3498	0.0768	-0.1822	0.0752	-0.0102	0.0284	0.0172	0.0111	0.0322	-5.8132	20.7325	-42.962

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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