PDB-8baq: E. coli C7 DarT1 in complex with NAD+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8baq

タイトル

E. coli C7 DarT1 in complex with NAD+

要素

DarT ssDNA thymidine ADP-ribosyltransferase family protein

キーワード

TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN / DNA ADP-RIBOSYLATION / ADP-ribosyltransferase activity / DNA binding

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Schuller, M. / Ariza, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for the reversible ADP-ribosylation of guanosine bases.
著者: Schuller, M. / Raggiaschi, R. / Mikolcevic, P. / Rack, J.G.M. / Ariza, A. / Zhang, Y. / Ledermann, R. / Tang, C. / Mikoc, A. / Ahel, I.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8baq.cif.gz	132.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8baq.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8baq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8baq_validation.pdf.gz	738.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8baq_full_validation.pdf.gz	738.8 KB	表示
XML形式データ	8baq_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	8baq_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8baq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8barC 8basC 8batC 8bauC 7omwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DarT ssDNA thymidine ADP-ribosyltransferase family protein

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.308, 62.308, 113.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	DarT ssDNA thymidine ADP-ribosyltransferase family protein 分子量: 24180.104 Da / 分子数: 1 / 変異: E152A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 4.0M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→54.018 Å / Num. obs: 17764 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1267 / CC_1/2: 0.615 / R_pim(I) all: 0.723 / R_rim(I) all: 1.527 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OMW

7omw

解像度: 2→54.018 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 14.808 / SU ML: 0.187 / Average fsc free: 0.9349 / Average fsc work: 0.947 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	792	4.468 %
R_work	0.1957	16934	-
all	0.198	-	-
obs	-	17726	99.73 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.664 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.952 Å²	0.476 Å²	0 Å²
2-	-	0.952 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.089 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→54.018 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1704	0	60	131	1895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.171	1.66	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.375	1.559	3622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.571	5	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.288	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.151	10	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.959	10	95
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	369
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	877
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.197	3.664	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.19	3.662	830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.433	5.485	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.434	5.486	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.392	3.891	976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.391	3.89	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.848	5.731	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.846	5.731	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.294	50.409	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.254	50.218	2097

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.428	43	0.369	1222	0.371	1270	0.86	0.862	99.6063	0.37
2.052-2.108	0.406	55	0.345	1204	0.347	1262	0.876	0.884	99.7623	0.344
2.108-2.169	0.338	56	0.313	1170	0.314	1229	0.903	0.907	99.7559	0.305
2.169-2.236	0.37	39	0.299	1150	0.301	1189	0.876	0.924	100	0.296
2.236-2.309	0.281	56	0.282	1095	0.282	1154	0.949	0.938	99.74	0.275
2.309-2.39	0.306	40	0.273	1074	0.274	1117	0.938	0.943	99.7314	0.263
2.39-2.48	0.332	40	0.263	1044	0.265	1085	0.928	0.95	99.9078	0.252
2.48-2.581	0.336	48	0.241	1001	0.245	1050	0.93	0.957	99.9048	0.228
2.581-2.695	0.222	51	0.22	958	0.22	1011	0.963	0.967	99.8022	0.206
2.695-2.826	0.308	58	0.21	888	0.216	947	0.938	0.969	99.8944	0.195
2.826-2.979	0.341	45	0.231	856	0.236	906	0.935	0.966	99.4481	0.217
2.979-3.159	0.237	64	0.21	801	0.212	865	0.967	0.972	100	0.2
3.159-3.376	0.311	26	0.187	802	0.191	828	0.941	0.979	100	0.178
3.376-3.646	0.237	45	0.177	725	0.18	775	0.95	0.985	99.3548	0.167
3.646-3.992	0.171	47	0.152	656	0.153	706	0.98	0.986	99.5751	0.147
3.992-4.46	0.154	18	0.115	640	0.116	658	0.98	0.992	100	0.107
4.46-5.144	0.152	12	0.126	562	0.127	574	0.992	0.992	100	0.118
5.144-6.286	0.224	26	0.145	472	0.149	502	0.975	0.989	99.2032	0.137
6.286-8.83	0.125	15	0.129	375	0.129	394	0.99	0.99	98.9848	0.123
8.83-54.018	0.206	8	0.152	239	0.153	252	0.958	0.986	98.0159	0.148

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -27.8557 Å / Origin y: 13.0148 Å / Origin z: -8.8853 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1889 Å²	-0.0454 Å²	0.0033 Å²	-	0.0662 Å²	-0.0095 Å²	-	-	0.0032 Å²
L	0.165 °²	0.0854 °²	0.4002 °²	-	0.7753 °²	0.0689 °²	-	-	1.02 °²
S	0.0133 Å °	-0.0273 Å °	0.0203 Å °	0.0541 Å °	-0.0668 Å °	0.0084 Å °	-0.0502 Å °	-0.0499 Å °	0.0535 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)