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- PDB-8b9u: Structure of ClpC1 NTD from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b9u
タイトルStructure of ClpC1 NTD from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • (MLE)V(MAA)(E9M)G
  • ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
キーワードCHAPERONE / ligand bound state
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / peptidoglycan-based cell wall / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : ...UVR domain / UVR domain profile. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Nonomuraea sp. MJM5123 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Meinhart, A. / Hoi, D.M. / Clausen, T.
資金援助European Union, オーストリア, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)AdG 694978European Union
Vienna Science and Technology Fund (WWTF)852936 オーストリア
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Clp-targeting BacPROTACs impair mycobacterial proteostasis and survival.
著者: Hoi, D.M. / Junker, S. / Junk, L. / Schwechel, K. / Fischel, K. / Podlesainski, D. / Hawkins, P.M.E. / van Geelen, L. / Kaschani, F. / Leodolter, J. / Morreale, F.E. / Kleine, S. / Guha, S. / ...著者: Hoi, D.M. / Junker, S. / Junk, L. / Schwechel, K. / Fischel, K. / Podlesainski, D. / Hawkins, P.M.E. / van Geelen, L. / Kaschani, F. / Leodolter, J. / Morreale, F.E. / Kleine, S. / Guha, S. / Rumpel, K. / Schmiedel, V.M. / Weinstabl, H. / Meinhart, A. / Payne, R.J. / Kaiser, M. / Hartl, M. / Boehmelt, G. / Kazmaier, U. / Kalscheuer, R. / Clausen, T.
履歴
登録2022年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1
C: (MLE)V(MAA)(E9M)G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,58710
ポリマ－32,2653
非ポリマー3227
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.440, 57.440, 174.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1


分子量: 15839.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: clpC1, Rv3596c, MTCY07H7B.26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPC9
#2: タンパク質・ペプチド (MLE)V(MAA)(E9M)G


分子量: 586.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Nonomuraea sp. MJM5123 (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris-HCl pH 7.5 and 3.1 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54789 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→99 Å / Num. obs: 16532 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 10.5 % / Num. unique obs: 1084 / CC1/2: 0.933 / Rrim(I) all: 0.653 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WDB

3wdb


解像度: 2.25→47.84 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 824 5 %
Rwork0.2123 --
obs0.2141 16475 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 24 110 2380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.841856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.390.48261290.41442465X-RAY DIFFRACTION95
2.39-2.570.31171350.27552554X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.830.29861360.22082595X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.240.2561380.22712608X-RAY DIFFRACTION100
3.24-4.090.20341390.18442639X-RAY DIFFRACTION100
4.09-47.840.21481470.17592790X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0209-0.43590.99474.2174-0.41885.68220.28460.0822-0.3499-0.1849-0.23460.68820.3619-0.70440.13350.33180.0052-0.06170.3313-0.07050.4059-37.3858-7.8389-24.7589
20.75670.0887-0.19463.8213-0.22293.05360.13080.3903-0.0607-0.6601-0.22760.5579-0.4748-0.60620.14770.5080.2362-0.14680.4439-0.0660.3633-36.38614.8373-31.3142
33.43242.08450.63444.06220.78345.39270.2071-0.0075-0.325-0.1599-0.136-0.43810.38390.5018-0.15610.27810.06210.0060.2661-0.03510.3119-19.5663-0.0416-8.6888
41.99810.2686-0.14034.62951.10644.26910.1895-0.36990.19490.2625-0.0501-0.3884-0.27580.4039-0.10320.2582-0.1113-0.00550.3421-0.03660.3014-16.344811.1267-0.0541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 81)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 142 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 81 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 82 through 144)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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