PDB-8b9s: NATIVE FORM, THERMOSTABLE LIPASE FROM THERMOANAEROBACTER THERMOHY...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b9s

タイトル

NATIVE FORM, THERMOSTABLE LIPASE FROM THERMOANAEROBACTER THERMOHYDROSULFURICUS

要素

Prolyl oligopeptidase family protein

キーワード

HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / THERMOSTABLE

機能・相同性

: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold / DECANE / : / PHOSPHATE ION / Prolyl oligopeptidase family protein

機能・相同性情報

生物種

Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Pinotsis, N. / Wilmanns, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Discovery of a non-canonical prototype long-chain monoacylglycerol lipase through a structure-based endogenous reaction intermediate complex.
著者: Pinotsis, N. / Kruger, A. / Tomas, N. / Chatziefthymiou, S.D. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Daffe, M. / Marrakchi, H. / Antranikian, G. / Wilmanns, M.

履歴

登録	2022年10月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b9s.cif.gz	743 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b9s.ent.gz	520.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b9s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/8b9s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/8b9s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q4hSC 7q4jC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Prolyl oligopeptidase family protein

B: Prolyl oligopeptidase family protein

C: Prolyl oligopeptidase family protein

D: Prolyl oligopeptidase family protein

E: Prolyl oligopeptidase family protein

F: Prolyl oligopeptidase family protein

ヘテロ分子

176 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Prolyl oligopeptidase family protein

B: Prolyl oligopeptidase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Elutes dimeric enzymes
58.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Prolyl oligopeptidase family protein

D: Prolyl oligopeptidase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Prolyl oligopeptidase family protein

F: Prolyl oligopeptidase family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.237, 125.237, 101.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 1 through 2 or (resid 3...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 1 through 55 or resid 57...
d_6	ens_1	(chain "F" and (resid 1 through 2 or (resid 3...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 55	1 - 55
d_1	2	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	57 - 75	57 - 75
d_1	3	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	77 - 112	77 - 112
d_1	4	MET	MET	MET	MET	A	A	114 - 158	114 - 158
d_1	5	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	160 - 259	160 - 259
d_2	1	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 55	1 - 55
d_2	2	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	57 - 75	57 - 75
d_2	3	PHE	PHE	LEU	LEU	B	B	77 - 112	77 - 112
d_2	4	MET	MET	MET	MET	B	B	114 - 158	114 - 158
d_2	5	GLN	GLN	GLY	GLY	B	B	160 - 259	160 - 259
d_3	1	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 55	1 - 55
d_3	2	LYS	LYS	GLY	GLY	C	C	57 - 75	57 - 75
d_3	3	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	77 - 112	77 - 112
d_3	4	MET	MET	MET	MET	C	C	114 - 158	114 - 158
d_3	5	GLN	GLN	GLY	GLY	C	C	160 - 259	160 - 259
d_4	1	MET	MET	LEU	LEU	D	D	1 - 55	1 - 55
d_4	2	LYS	LYS	GLY	GLY	D	D	57 - 75	57 - 75
d_4	3	PHE	PHE	LEU	LEU	D	D	77 - 112	77 - 112
d_4	4	MET	MET	MET	MET	D	D	114 - 158	114 - 158
d_4	5	GLN	GLN	GLY	GLY	D	D	160 - 259	160 - 259
d_5	1	MET	MET	LEU	LEU	E	E	1 - 55	1 - 55
d_5	2	LYS	LYS	GLY	GLY	E	E	57 - 75	57 - 75
d_5	3	PHE	PHE	LEU	LEU	E	E	77 - 112	77 - 112
d_5	4	MET	MET	MET	MET	E	E	114 - 158	114 - 158
d_5	5	GLN	GLN	GLY	GLY	E	E	160 - 259	160 - 259
d_6	1	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 55	1 - 55
d_6	2	LYS	LYS	GLY	GLY	F	F	57 - 75	57 - 75
d_6	3	PHE	PHE	LEU	LEU	F	F	77 - 112	77 - 112
d_6	4	MET	MET	MET	MET	F	F	114 - 158	114 - 158
d_6	5	GLN	GLN	GLY	GLY	F	F	160 - 259	160 - 259

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.429384958131, 0.763297899142, -0.482705785024), (0.762649205802, 0.0201782428193, -0.646497507656), (-0.483730034854, -0.645731488842, -0.590792770519)	-39.1883278581, 98.0318869351, 108.185823085
2	given	(0.980471014659, 0.196111615679, -0.0147249315818), (-0.196080638534, 0.980581410016, 0.003532919928), (0.015131840808, -0.000576651599584, 0.99988534086)	-76.5574494194, 37.7517443942, -5.89289409227
3	given	(-0.264815249345, 0.757264305708, -0.597012273756), (0.831294102122, -0.134484357537, -0.539318155967), (-0.488695201012, -0.639112454016, -0.593895842408)	-96.8075747333, 142.008227373, 101.920528755
4	given	(0.56941726766, -0.820542468246, 0.0497396531526), (-0.821686800144, -0.56991886908, 0.00482546742212), (0.0243880659241, -0.0436181209139, -0.998750560334)	57.4621984723, 185.155107178, 99.2779862967
5	given	(-0.893163216866, 0.388028716325, 0.227361349714), (-0.0798885751891, -0.634397326614, 0.768867899928), (0.442580256667, 0.668560952563, 0.59761941829)	-40.1251219257, 161.018008582, -14.3766742795

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Prolyl oligopeptidase family protein 分子量: 29203.551 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア) 遺伝子: ThesiDRAFT1_1468 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I9KU82

-
非ポリマー , 5種, 352分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-D10 / DECANE / デカン分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.84 % / 解説: Rods
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 5% PEG 6000 0.1 M Tris-HCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→20 Å / Num. obs: 67696 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 46.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.75
反射シェル	解像度: 2.42→2.46 Å / R_merge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique obs: 3350

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7Q4H

7q4h

解像度: 2.42→19.94 Å / SU ML: 0.3685 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.183
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	2051	3.03 %
R_work	0.217	65618	-
obs	0.2182	67669	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12246	0	66	340	12652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	12538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0258	16823
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0602	1831
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	2150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.2511	1657

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.798289213624
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.490721726899
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.879724916667
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.53630019155
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.908945131091

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.48	0.3147	128	0.2749	4371	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.48-2.54	0.2914	110	0.259	4366	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.54-2.61	0.283	157	0.2555	4401	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.61-2.68	0.3978	125	0.2527	4357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.77	0.3086	145	0.2523	4370	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.77-2.87	0.3176	149	0.2594	4347	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.87-2.98	0.3042	112	0.2543	4438	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.98-3.12	0.3246	134	0.2435	4356	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.12-3.28	0.2905	133	0.2336	4401	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.49	0.2579	138	0.2235	4361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.75	0.2607	136	0.2079	4388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.13	0.2624	128	0.2006	4386	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.72	0.2001	140	0.1865	4358	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.72-5.92	0.2072	152	0.192	4362	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.92-19.94	0.2229	164	0.2048	4356	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.77109814832	0.102407299153	-0.0603042129928	2.30048752363	0.255961689756	2.08120122585	0.0554752203649	0.0849890436643	0.219320837351	0.259182958028	0.172015386377	0.476519520788	-0.322848584084	-0.251101723305	-0.214611051335	0.346597291829	0.0441783755432	0.100915776213	0.24517632401	0.0843193748147	0.355870345023	-0.639176203053	100.605133973	31.1324382015
2	1.29856699897	0.272328000365	-0.447592247366	2.6885209267	-0.487251719874	1.98612801821	0.0764649022914	0.154880681236	-0.26927489414	-0.0667791298464	0.00142353584584	-0.373259747178	0.0586869275634	0.269730084893	-0.0640382053421	0.211335335788	0.0196106966574	-0.00556707571471	0.322450200285	-0.0638612782386	0.319557233007	22.7952156232	79.3222119578	25.1368544633
3	2.02590644983	-0.671505317009	0.513133308082	3.84385770524	1.29513752895	3.29348203255	-0.0412237548388	0.250834628658	0.267632434479	-0.48130574635	-0.173027584756	-0.275079123223	-0.46827760764	0.025853861022	0.212564928936	0.393678558148	-0.0839343532636	-0.0459860874244	0.449575730131	0.0399954656625	0.375341223533	-57.9776871983	136.609651154	25.2335344722
4	2.67684587096	-0.931975821812	0.184672626665	2.90563919901	1.01826855051	2.0743294812	0.0840838285974	0.837106106317	-0.260946198871	-0.132380514577	0.179589135392	-0.921510312949	0.300106117253	0.790648460432	-0.246889908611	0.454783321987	0.0763057129974	0.0691815238267	0.855922844044	-0.145877895818	0.77141275568	-39.1380932284	111.036383364	19.4274723953
5	2.08110932045	0.409229915753	0.557812969854	2.43200707908	-0.624472128776	1.96042618707	-0.0921410570657	-0.141944144201	-0.154631003071	-0.232837793767	-0.0815362789039	0.108563344555	0.454010614653	-0.64764733997	0.171390782935	0.47515182015	-0.123428941458	0.101633512703	0.590334449808	-0.177493353776	0.459949545822	-23.8987762522	128.558258942	63.7180051529
6	2.2392577818	0.565186930497	0.644636282622	1.28225427291	-0.446201936938	1.85250042711	0.0313052751173	-0.114099424436	-0.300430324146	0.281901872355	-0.146565045582	-0.455551051152	0.402500981442	0.222064530263	0.121928960574	0.686747876259	0.169577986627	0.0272015696986	0.503054910466	0.053158376192	0.583166982138	6.65005269649	121.296740894	71.2082368009
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12	6.52034127186	-2.99766658089	1.61053540539	3.56429259495	0.225921831876	1.50066586328	-0.580493086542	-0.472784511228	0.410408302621	0.5123255675	0.332692057792	-0.627590223922	0.409750264286	0.528764287565	0.19725328266	0.607734927054	0.0969004858339	-0.0729361732452	0.481739837159	0.0115930239148	0.41806726682	1.01961002506	143.63404085	79.3223501354

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and ((resid 1:140) or (resid 183:259)))	A	A	1 - 259	1 - 259
2	2	(chain 'B' and ((resid 1:140) or (resid 183:259)))	B	D	1 - 259	1 - 259
3	3	(chain 'C' and ((resid 1:140) or (resid 183:259)))	C	F	1 - 259	1 - 259
4	4	(chain 'D' and ((resid 1:140) or (resid 183:259)))	D	H	1 - 259	1 - 259
5	5	(chain 'E' and ((resid 1:140) or (resid 183:259)))	E	I	1 - 259	1 - 259
6	6	(chain 'F' and ((resid 1:140) or (resid 183:259)))	F	K	1 - 259	1 - 259
7	7	(chain 'A' and (resid 141:182))	A	A	141 - 182	141 - 182
8	8	(chain 'B' and (resid 141:182))	B	D	141 - 182	141 - 182
9	9	(chain 'C' and (resid 141:182))	C	F	141 - 182	141 - 182
10	10	(chain 'D' and (resid 141:182))	D	H	141 - 182	141 - 182
11	11	(chain 'E' and (resid 141:182))	E	I	141 - 182	141 - 182
12	12	(chain 'F' and (resid 141:182))	F	K	141 - 182	141 - 182

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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