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- PDB-7q4h: A thermostable lipase from Thermoanaerobacter thermohydrosulfuric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q4h
タイトルA thermostable lipase from Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus in complex with PMSF
要素(Hydrolase_4 domain-containing ...) x 2
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / THERMOSTABLE / PMSF
機能・相同性(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / :
機能・相同性情報
生物種Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00003223771 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Wilmanns, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Discovery of a non-canonical prototype long-chain monoacylglycerol lipase through a structure-based endogenous reaction intermediate complex.
著者: Pinotsis, N. / Kruger, A. / Tomas, N. / Chatziefthymiou, S.D. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Daffe, M. / Marrakchi, H. / Antranikian, G. / Wilmanns, M.
履歴
登録2021年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase_4 domain-containing protein
B: Hydrolase_4 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,00411
ポリマ－58,9562
非ポリマー1,0499
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The mutation E72R abolishes the dimerisation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)84.808, 84.808, 157.484
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-422-

HOH

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要素

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Hydrolase 4 domain-containing ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hydrolase_4 domain-containing protein


分子量: 29450.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Methylated lysines
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)
遺伝子: SAMN04324257_00243 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I1X7Z7
#2: タンパク質 Hydrolase_4 domain-containing protein


分子量: 29504.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)
遺伝子: SAMN04324257_00243 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I1X7Z7

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非ポリマー , 5種, 145分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 % / 解説: long, very thin rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.4M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 38930 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 37.3789775577 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2422 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.514

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo structure

解像度: 2.00003223771→29.9841559494 Å / SU ML: 0.268164055868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.40023011694 / 位相誤差: 25.2434670547
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228000812825 1219 3.13359553739 %
Rwork0.184258466292 37682 -
obs0.18567197857 38901 98.1555308841 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.002510335 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00003223771→29.9841559494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4101 0 65 136 4302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004617168173374260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9374255002585712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0347405243805621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00287955494721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2494872991602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.08010.3513431769491340.3149388128453616X-RAY DIFFRACTION86.8860055607
2.0801-2.17470.3516483642661240.2713904515794153X-RAY DIFFRACTION98.18640955
2.1747-2.28940.2762134276491190.2327308796814160X-RAY DIFFRACTION99.650675361
2.2894-2.43270.2917655873621340.2165014244234200X-RAY DIFFRACTION99.7009431792
2.4327-2.62050.2324386534391340.2005793129744197X-RAY DIFFRACTION99.7466605251
2.6205-2.8840.26554167261280.1990900461424249X-RAY DIFFRACTION99.6357842021
2.884-3.30080.2605447113851570.2013903257454252X-RAY DIFFRACTION99.8188815938
3.3008-4.15690.2023060135811480.1612564381894302X-RAY DIFFRACTION99.6640537514
4.1569-29.9840.1782937199281410.1498620490154553X-RAY DIFFRACTION99.8298596342
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00279256383-0.0480970563235-0.05669518448510.923150479194-0.1282477869710.822401364718-0.08408113548580.04440327553150.317447639113-0.01828840137340.05996766891690.133651494082-0.2745707274760.3574635326160.02608353538480.22702741255-0.0908069732974-0.01796736133730.3328114562240.0002660757568870.31453318383920.0791449269-14.94363887063.34399289802
21.082287938410.2397664254720.4778659158561.74530223268-0.3749909513820.6342594152190.151023288908-0.512400544968-0.1441326187350.403800189014-0.0005150106366840.2704148364030.1239688317380.04342787580960.2658050430670.231075808429-0.004678157873710.04927446165930.3547665280360.0768020003040.27328392383611.0688697936-41.377318744218.6543774732
30.7472234814841.036197188450.4639106573462.80726956742-0.146698539861.39348687955-0.1257230782180.309117554721-0.125560375674-0.6488448637890.190222986843-0.3971751913210.3665288176640.697243258616-0.04245013221560.3950075990230.03637350131280.04122238317250.608235457585-0.03279798820060.28063650719126.2188346842-34.132719141-9.83388786763
40.148731266058-0.006695352903830.0002600440838810.1265061678550.03699789640730.01155676664480.288487580956-0.233150185056-0.005019659708080.386227660394-0.0419556206655-0.3052609603440.007569640389670.0001613406067180.0008454767603230.492571244471-0.0696508106571-0.04759702011990.661037523136-0.03616135412040.30402303696429.3914232846-31.218950689430.7205566576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 1:140) or (resseq 183:259))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 1:140) or (resseq 183:259))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 141:182))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 141:182))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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