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- PDB-8b8o: Crystal structure of Scribble PDZ1 with human papillomavirus stra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b8o
タイトルCrystal structure of Scribble PDZ1 with human papillomavirus strain 16 E6 peptide
要素
  • Protein E6
  • Protein scribble homolog
キーワードPROTEIN BINDING / Scribble / human papillomavirus / E6 / PDZ domain / cell polarity
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / cochlear nucleus development / establishment of apical/basal cell polarity / astrocyte cell migration / Scrib-APC-beta-catenin complex / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / polarized epithelial cell differentiation / synaptic vesicle targeting / epithelial structure maintenance ...establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / cochlear nucleus development / establishment of apical/basal cell polarity / astrocyte cell migration / Scrib-APC-beta-catenin complex / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / polarized epithelial cell differentiation / synaptic vesicle targeting / epithelial structure maintenance / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / myelin sheath abaxonal region / protein localization to adherens junction / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / post-anal tail morphogenesis / : / activation of GTPase activity / auditory receptor cell stereocilium organization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / extrinsic component of postsynaptic density membrane / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive chemotaxis / receptor clustering / positive regulation of receptor recycling / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / immunological synapse / signaling adaptor activity / adherens junction / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell junction / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / presynapse / basolateral plasma membrane / host cell cytoplasm / cell population proliferation / postsynaptic density / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / protein kinase binding / host cell nucleus / glutamatergic synapse / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / : / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / : / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
human papillomavirus 66 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stewart, B.Z. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Scribble PDZ1 with human papillomavirus strain 16 E6 peptide
著者: Stewart, B.Z. / Caria, S. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein scribble homolog
A: Protein scribble homolog
C: Protein E6
D: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4496
ポリマ－22,3254
非ポリマー1242
水19811
1
B: Protein scribble homolog
C: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2874
ポリマ－11,1632
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein scribble homolog
D: Protein E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1632
ポリマ－11,1632
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.091, 90.992, 36.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1000 through 1008 or resid 1013...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1000 through 1008 or resid 1013...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLYGLYPROPROAB1000 - 10084 - 12
d_12PROPROPROPROAB1013 - 102817 - 32
d_13PROPROASPASPAB1034 - 109238 - 96
d_21GLYGLYPROPROBA1000 - 10084 - 12
d_22PROPROASPASPBA1013 - 109217 - 96

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.964038778597, 0.123768590064, -0.23518199224), (0.0639915060671, -0.967003924289, -0.246593790595), (-0.257942475199, 0.222676326812, -0.940149420553)ベクター: 4. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.964038778597, 0.123768590064, -0.23518199224), (0.0639915060671, -0.967003924289, -0.246593790595), (-0.257942475199, 0.222676326812, -0.940149420553)
ベクター: 4.28972382815, -53.4217806796, 16.2433308907)

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要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / Scribble / hScrib / Protein LAP4


分子量: 10082.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: At the n-terminal of chain A, B, the sequence GPLGS is part of the expression tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Protein E6


分子量: 1080.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) human papillomavirus 66 (パピローマウイルス)
参照: UniProt: G8HXP2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 % / 解説: Diamond plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 / 詳細: 0.1 M Na HEPES pH 7.9, 63% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→32.03 Å / Num. obs: 4654 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 84.26 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1438 / Net I/σ(I): 8.41
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Rmerge(I) obs: 1.293 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 451 / CC1/2: 0.594

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XA6

6xa6


解像度: 2.9→32.03 Å / SU ML: 0.5153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5046
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2889 212 4.57 %
Rwork0.2696 4428 -
obs0.2705 4640 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→32.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1403 0 8 11 1422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66211913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083253
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8468526
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.10947417099 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.650.41761070.32232202X-RAY DIFFRACTION99.61
3.65-32.030.25141050.25352226X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.3400575757 Å / Origin y: -25.5439849334 Å / Origin z: 1.20771914627 Å
111213212223313233
T0.462075946378 Å20.0279419124344 Å20.0997074400001 Å2-0.661581533304 Å20.0515015030832 Å2--0.506884329434 Å2
L1.74873954928 °20.555053445829 °2-0.146076708731 °2-4.81056056789 °23.56900298086 °2--5.39973399478 °2
S-0.166125209666 Å °0.106677100539 Å °-0.00195643131392 Å °0.290331427369 Å °0.249945318904 Å °-0.0532205452868 Å °0.219641361291 Å °-0.237213223631 Å °-0.0555669449254 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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