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- PDB-8bia: Crystal structure of Scribble PDZ1 with PTHR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bia
タイトルCrystal structure of Scribble PDZ1 with PTHR
要素
  • Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • Protein scribble homolog
キーワードPROTEIN BINDING / Scribble / PTHR / PDZ domain / cell polarity
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of postsynaptic density membrane / establishment of T cell polarity / parathyroid hormone receptor activity / cochlear nucleus development / apoptotic process involved in morphogenesis / astrocyte cell migration / myelin sheath abaxonal region / Scrib-APC-beta-catenin complex / establishment of apical/basal cell polarity / polarized epithelial cell differentiation ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / establishment of T cell polarity / parathyroid hormone receptor activity / cochlear nucleus development / apoptotic process involved in morphogenesis / astrocyte cell migration / myelin sheath abaxonal region / Scrib-APC-beta-catenin complex / establishment of apical/basal cell polarity / polarized epithelial cell differentiation / synaptic vesicle targeting / epithelial structure maintenance / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / mammary gland duct morphogenesis / cell-cell contact zone / post-anal tail morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / protein localization to adherens junction / Class B/2 (Secretin family receptors) / G protein-coupled peptide receptor activity / auditory receptor cell stereocilium organization / negative regulation of mitotic cell cycle / osteoblast development / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive chemotaxis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / RHOJ GTPase cycle / bone mineralization / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / peptide hormone binding / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / synaptic vesicle endocytosis / chondrocyte differentiation / bone resorption / cell maturation / signaling adaptor activity / skeletal system development / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / adherens junction / wound healing / cell-cell adhesion / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / intracellular calcium ion homeostasis / cell-cell junction / cell junction / cell migration / presynapse / lamellipodium / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / basolateral plasma membrane / in utero embryonic development / cell surface receptor signaling pathway / cell population proliferation / receptor complex / postsynaptic density / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / nucleolus / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / : / : / Leucine-rich repeat region / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / Leucine-rich repeats, bacterial type / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / : / : / Leucine-rich repeat region / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / Leucine-rich repeats, bacterial type / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stewart, B.Z. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Scribble PDZ1 with human papillomavirus strain 16 E6 peptide
著者: Stewart, B.Z. / Caria, S. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scribble homolog
C: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4403
ポリマ－13,3452
非ポリマー951
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.161, 53.161, 217.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / Scribble / hScrib / Protein LAP4


分子量: 12293.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor


分子量: 1051.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q03431
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.72 % / 解説: triangular diamond prism
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M phosphate/citrate pH 5.2, 43% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→51.66 Å / Num. obs: 6472 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 56.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 623 / CC1/2: 0.891 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MTV

6mtv


解像度: 2.4→51.63 Å / SU ML: 0.1752 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.0619
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 334 5.17 %
Rwork0.2519 6122 -
obs0.2529 6456 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→51.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数830 0 5 35 870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4681137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0457127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3955314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-3.020.35271660.29222962X-RAY DIFFRACTION98.21
3.02-51.630.25071680.24273160X-RAY DIFFRACTION99.08
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.0246235025 Å / Origin y: 27.1692229986 Å / Origin z: -12.4512720899 Å
111213212223313233
T0.230110054175 Å2-0.0639716849453 Å2-0.0488469731104 Å2-0.650524895469 Å20.0415935387309 Å2--0.31821877712 Å2
L2.76337219683 °2-0.32163057626 °2-0.533962449309 °2-3.16192194133 °20.354010096047 °2--4.43886529039 °2
S0.151571297231 Å °-0.493345706885 Å °0.0803329460972 Å °0.360721483764 Å °-0.127093554452 Å °-0.380804390687 Å °-0.315521536613 Å °0.371193604613 Å °-0.0815395042216 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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