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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8b7c | |||||||||
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| Title | Tubulin-maytansinoid-12 complex | |||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 ...tubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / positive regulation of mitotic cell cycle / post-translational protein modification / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. ...Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Pieraccini, S. / Passarella, D. | |||||||||
| Funding support | European Union, Switzerland, 2items
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Citation | Journal: Chemistry / Year: 2023Title: Maytansinol Functionalization: Towards Useful Probes for Studying Microtubule Dynamics. Authors: Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. ...Authors: Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. / Pieraccini, S. / Passarella, D. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8b7c.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8b7c.ent.gz | 760.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8b7c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8b7c_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8b7c_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 8b7c_validation.xml.gz | 89.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 8b7c_validation.cif.gz | 127.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/8b7c | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8b7aC ![]() 8b7bC ![]() 5lxtS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
| #1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 9 types, 1193 molecules 
















| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ChemComp-IMD / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-MES / | #11: Chemical | ChemComp-PWC / [( | #12: Chemical | ChemComp-ACP / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.6 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.000029 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.000029 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→49.57 Å / Num. obs: 235350 / % possible obs: 99.93 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 39.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1195 / Rpim(I) all: 0.03355 / Rrim(I) all: 0.1242 / Net I/σ(I): 15.92 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 3.954 / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 23217 / CC1/2: 0.238 / CC star: 0.62 / Rpim(I) all: 1.118 / Rrim(I) all: 4.111 / % possible all: 99.81 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: 5LXT Resolution: 1.9→49.57 Å / SU ML: 0.2845 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.567 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 56.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→49.57 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi






X-RAY DIFFRACTION
Switzerland, 2items
Citation


PDBj











