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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b6a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BfrB protein from Bacteroides fragilis NCTC 9343 | ||||||
要素 | Conserved hypothetical lipoprotein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / HMUY like / heme binding | ||||||
機能・相同性 | HmuY protein / HmuY protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Conserved hypothetical lipoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Olczak, T. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Faseb J. / 年: 2023 タイトル: Bacteroides fragilis expresses three proteins similar to Porphyromonas gingivalis HmuY: Hemophore-like proteins differentially evolved to participate in heme acquisition in oral and gut microbiomes. 著者: Antonyuk, S.V. / Sieminska, K. / Smiga, M. / Strange, R.W. / Wagner, M. / Barnett, K.J. / Olczak, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b6a.cif.gz | 96 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b6a.ent.gz | 71.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b6a_validation.pdf.gz | 448.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b6a_full_validation.pdf.gz | 448.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8b6a_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b6a_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8b61C 6ewmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23157.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア) 株: ATCC 25285 / DSM 2151 / CCUG 4856 / JCM 11019 / NCTC 9343 / Onslow 遺伝子: BF9343_0985, NCTC9343_02639 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LGH3 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: plates |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.6M ammonium sulphate, 100mM sodium acetate, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→38.44 Å / Num. obs: 40527 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 4.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 1.458 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1756 / CC1/2: 0.346 / Rpim(I) all: 1.078 / % possible all: 75.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6EWM 解像度: 1.77→38.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.945 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.359 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.77→38.47 Å
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拘束条件 |
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