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- PDB-8b61: Crystal structure of BfrC protein from Bacteroides fragilis NCTC 9343 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b61
タイトルCrystal structure of BfrC protein from Bacteroides fragilis NCTC 9343
要素Conserved hypothetical lipoprotein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / HMUY like / heme binding
機能・相同性HmuY protein / HmuY protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / pentane-1,3,5-tricarboxylic acid / Conserved hypothetical lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Barnett, K. / Strange, R.W. / Olczak, T.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Other government2019/33/B/NZ6/00292 ポーランド
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2023
タイトル: Bacteroides fragilis expresses three proteins similar to Porphyromonas gingivalis HmuY: Hemophore-like proteins differentially evolved to participate in heme acquisition in oral and gut microbiomes.
著者: Antonyuk, S.V. / Sieminska, K. / Smiga, M. / Strange, R.W. / Wagner, M. / Barnett, K.J. / Olczak, T.
履歴
登録2022年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved hypothetical lipoprotein
B: Conserved hypothetical lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0507
ポリマ－53,3652
非ポリマー6855
水9,080504
1
A: Conserved hypothetical lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0714
ポリマ－26,6831
非ポリマー3883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Conserved hypothetical lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9793
ポリマ－26,6831
非ポリマー2962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.075, 89.840, 99.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-590-

HOH

21B-605-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Conserved hypothetical lipoprotein / Lipoprotein


分子量: 26682.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
株: ATCC 25285 / DSM 2151 / CCUG 4856 / JCM 11019 / NCTC 9343 / Onslow
遺伝子: BF9343_2078, NCTC9343_03740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5LDF1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-P7W / pentane-1,3,5-tricarboxylic acid / 1,3,5-ペンタントリカルボン酸


分子量: 204.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 % / 解説: needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES at pH 7.5 and 22 % w/v Poly acrylic acid sodium salt 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月26日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→66.55 Å / Num. obs: 43116 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.178 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.421 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2286 / CC1/2: 0.372 / Rpim(I) all: 0.871 / Rrim(I) all: 1.8 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alpha fold

解像度: 1.81→66.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 8.518 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25069 2219 5.2 %RANDOM
Rwork0.20122 ---
obs0.20378 40814 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.616 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å2-0 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→66.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3171 0 46 504 3721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0123334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.6524544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3641.5836716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2745401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24523.316190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81715483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8711516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2011.4171592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1931.4161591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0382.1091985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0372.111986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5231.6641742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5231.6651743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3972.4172556
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.28828.57714681
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.05727.17614183
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.854 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 162 -
Rwork0.39 2732 -
obs--92.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0181.56680.54483.63391.65931.6109-0.09170.0375-0.07860.01910.1528-0.1730.01170.0849-0.0610.1180.01270.01160.0359-0.02690.026133.10841.769518.8845
22.13691.3591-0.44983.2847-0.62790.9024-0.0548-0.0423-0.0174-0.0778-0.02480.0150.10430.03930.07960.15250.0112-0.01690.01180.00440.013945.0621-28.49056.0022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2B30 - 238

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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