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- PDB-8b5w: Crystal structure of the E3 module from UBR4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b5w
タイトルCrystal structure of the E3 module from UBR4
要素cDNA FLJ12511 fis, clone NT2RM2001727, highly similar to Homo sapiens ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 4 (UBR4), mRNA
キーワードLIGASE / ubiquitin / E3 ligase / zinc finger
機能・相同性E3 ubiquitin ligase UBR4, C-terminal / E3 ubiquitin ligase UBR4-like / E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 / ligase activity / cDNA FLJ12511 fis, clone NT2RM2001727, highly similar to Homo sapiens ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 4 (UBR4), mRNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Virdee, S. / Mabbitt, P.D. / Barnsby-Greer, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: UBE2A and UBE2B are recruited by an atypical E3 ligase module in UBR4.
著者: Barnsby-Greer, L. / Mabbitt, P.D. / Dery, M.A. / Squair, D.R. / Wood, N.T. / Lamoliatte, F. / Lange, S.M. / Virdee, S.
履歴
登録2022年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ12511 fis, clone NT2RM2001727, highly similar to Homo sapiens ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 4 (UBR4), mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9454
ポリマ－51,7561
非ポリマー1903
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area14060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.131, 84.644, 148.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ12511 fis, clone NT2RM2001727, highly similar to Homo sapiens ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 4 (UBR4), mRNA


分子量: 51755.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3KMT2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10 mM Na2HPO4 13% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.2820 or 1.2831
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2821
21.28311
反射解像度: 1.8→74.07 Å / Num. obs: 36081 / % possible obs: 91.33 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 24.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02395 / Rpim(I) all: 0.02395 / Rrim(I) all: 0.03387 / Net I/σ(I): 23.84
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2907 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique obs: 3577 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.2907 / Rrim(I) all: 0.4111 / % possible all: 91.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
CRANK22.01位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→74.07 Å / SU ML: 0.2153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.3732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 1747 4.84 %
Rwork0.1981 34329 -
obs0.1993 36076 91.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→74.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2723 0 9 408 3140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54323810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0401426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9582376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.32811410.2552790X-RAY DIFFRACTION90.83
1.85-1.90.27481210.25772624X-RAY DIFFRACTION96.55
1.93-1.980.30621350.25142464X-RAY DIFFRACTION99.96
1.98-2.040.31681250.2432451X-RAY DIFFRACTION99.81
2.09-2.150.25811140.21692113X-RAY DIFFRACTION99.91
2.15-2.270.23081440.21293119X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.410.22281590.20843137X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.60.24291780.21053086X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.860.24831550.20093153X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.270.2461420.20073165X-RAY DIFFRACTION99.97
3.27-4.120.19041460.17522933X-RAY DIFFRACTION92.41
4.12-74.070.17031870.1723294X-RAY DIFFRACTION99.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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