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- PDB-8b5c: Human BRD4 bromdomain 1 in complex with a H4 peptide containing A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b5c
タイトルHuman BRD4 bromdomain 1 in complex with a H4 peptide containing ApmTri (H4K5/8ApmTri)
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • H4K5/8ApmTri
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / ApmTri / acetyl-lysine mimic / BET-Bromodomain / histone-peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Braun, M.B. / Bartlick, N. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHW 1163/9-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Synthesis, Biochemical Characterization, and Genetic Encoding of a 1,2,4-Triazole Amino Acid as an Acetyllysine Mimic for Bromodomains of the BET Family.
著者: Kirchgassner, S. / Braun, M.B. / Bartlick, N. / Koc, C. / Reinkemeier, C.D. / Lemke, E.A. / Stehle, T. / Schwarzer, D.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年5月24日Group: Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.formula
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: H4K5/8ApmTri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5562
ポリマ－16,5562
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation, MST
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.527, 46.748, 58.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15294.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド H4K5/8ApmTri


分子量: 1261.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: non-natural amino acid ApmTri containing H4 peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM sodium acetate trihydrate 100 mM Trishydrochloride pH 8.5 30% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999867 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999867 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 16702 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.47
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / Num. unique obs: 2628 / CC1/2: 0.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OSS

2oss


解像度: 1.58→36.62 Å / SU ML: 0.189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.3402
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 1503 9 %
Rwork0.1842 15195 -
obs0.1863 16698 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→36.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 0 0 78 1171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89821538
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0468164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.9296941
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.630.32871320.30591338X-RAY DIFFRACTION99.66
1.63-1.690.31191330.26471349X-RAY DIFFRACTION99.66
1.69-1.750.29261350.26951364X-RAY DIFFRACTION99.67
1.75-1.830.2981350.21591357X-RAY DIFFRACTION99.73
1.83-1.930.21911350.19021368X-RAY DIFFRACTION99.93
1.93-2.050.19231350.17971365X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.210.21071370.16611381X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.430.19021360.16711376X-RAY DIFFRACTION99.6
2.43-2.780.21261380.1781399X-RAY DIFFRACTION99.81
2.78-3.510.18881390.17071402X-RAY DIFFRACTION99.94
3.51-36.620.17521480.16911496X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.52012485661 Å / Origin y: 7.80694949755 Å / Origin z: -16.6646782266 Å
111213212223313233
T0.149215471378 Å2-0.00197945846376 Å2-0.00920603783542 Å2-0.150352982571 Å20.0147625369133 Å2--0.148517949834 Å2
L0.160063559515 °20.149349319198 °20.0119025861183 °2-0.247604837798 °20.00586058025533 °2--0.140235867974 °2
S0.00941259161442 Å °-0.0445250033563 Å °-0.0808033985035 Å °0.0287537446353 Å °-0.0196014680219 Å °-1.1704145578E-5 Å °0.00226584658222 Å °0.00289511082983 Å °3.69710230686E-6 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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