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- PDB-8b5b: Human BRD4 bromdomain 1 in complex with a H4 peptide containing a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b5b
タイトルHuman BRD4 bromdomain 1 in complex with a H4 peptide containing acetyl lysine and ApmTri (H4K5acK8ApmTri)
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • H4K5acK8ApmTri
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / ApmTri / acetyl-lysine mimic / BET-Bromodomain / histone-peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / : / condensed nuclear chromosome / histone reader activity ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / : / condensed nuclear chromosome / histone reader activity / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Braun, M.B. / Bartlick, N. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHW 1163/9-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Synthesis, Biochemical Characterization, and Genetic Encoding of a 1,2,4-Triazole Amino Acid as an Acetyllysine Mimic for Bromodomains of the BET Family.
著者: Kirchgassner, S. / Braun, M.B. / Bartlick, N. / Koc, C. / Reinkemeier, C.D. / Lemke, E.A. / Stehle, T. / Schwarzer, D.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年5月24日Group: Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.formula
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
C: Bromodomain-containing protein 4
D: H4K5acK8ApmTri
E: H4K5acK8ApmTri
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4656
ポリマ－48,3595
非ポリマー1061
水4,486249
1
A: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2951
ポリマ－15,2951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area7550 Å2
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 4
D: H4K5acK8ApmTri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5322
ポリマ－16,5322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7320 Å2
手法PISA
3
C: Bromodomain-containing protein 4
E: H4K5acK8ApmTri
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6383
ポリマ－16,5322
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.508, 51.780, 170.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15294.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド H4K5acK8ApmTri


分子量: 1237.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: acetylated lysine and non-natural amino acid ApmTri containing H4 peptide
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM sodium acetate trihydrate 100 mM Trishydrochloride pH 8.5 30% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000029 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→44.3 Å / Num. obs: 27441 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.85
反射 シェル解像度: 1.92→2.04 Å / Num. unique obs: 4283 / CC1/2: 0.62

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OSS

2oss


解像度: 1.92→44.27 Å / SU ML: 0.2397 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.1926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 1098 4 %
Rwork0.1969 26338 -
obs0.1989 27436 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→44.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3192 0 7 249 3448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57214504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.11842242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-2.010.31111320.28543163X-RAY DIFFRACTION97.63
2.01-2.110.34391340.26023215X-RAY DIFFRACTION98.76
2.11-2.240.24141360.23413258X-RAY DIFFRACTION98.95
2.24-2.420.28741350.22783244X-RAY DIFFRACTION99.09
2.42-2.660.28091350.21453259X-RAY DIFFRACTION99.09
2.66-3.050.27671400.20483338X-RAY DIFFRACTION99.57
3.05-3.840.22641390.17273341X-RAY DIFFRACTION99.86
3.84-44.270.19451470.15773520X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.81257927234-4.33442172843-4.173200368776.220370359164.077641336029.44760712794-0.009283500179380.666132034633-0.8104207882540.180238687181-0.214460701370.228074647934-0.308627761992-0.5079850376940.2534125671650.207120419593-0.0181112086122-0.03537365608890.261045703519-0.02971806252120.278832787962-19.412442792215.9730703623-19.7133778594
24.60787184993-1.6362996061-2.610069580497.01001611643-3.076427684369.095967785390.1278831075870.0970921781593-0.0607000787917-0.2800597815580.215926714986-0.2976897713520.5849712855460.218310219536-0.3546862790070.242260246164-0.0293693950099-0.04136563960430.189438542182-0.04954909062090.3371375864421.790698788118.94379915965-29.4758241613
37.14067886664-2.335279594151.511690515622.99201969492-1.143236835172.109472158810.0452262126229-0.232408512431-0.3180039666210.1025640801210.0461769958470.06013159619260.0406065196993-0.0315206014648-0.06560840081530.229632400786-0.0370313326156-0.01625781329230.15556188829-0.02188070626170.179879535395-10.942469366612.1451990051-11.0598196575
48.14903513643.84557029816-6.017194171074.30377731818-3.331971145144.57974569135-0.4951563489120.527750837286-0.412365826703-0.2726975086130.1493774274050.0797651720850.5977889708-0.3556918005170.391207463170.225063270973-0.01161694481490.001134494233860.196384824971-0.02907427856880.208138137181-4.4827914361410.2535911207-25.0875216649
55.57950537089-0.280049111214-3.715957810361.436912585581.474936117249.764218918010.0658908372434-0.06706594416490.0547120875836-0.07830275839-0.1539667520360.056840745244-0.3452385950510.1292772554950.06771488858640.1993924935270.0172400547699-0.04216732442050.183229015412-0.0251926875040.272347664353-3.8272159797918.303119084-13.3820167279
67.21913113401-1.06073158664-2.967786915933.253571990482.383507845019.37692930924-0.0824135776697-0.336024155877-0.2188379638520.08262808648110.132495299523-0.2604682651790.3466618258740.675804700824-0.02108194528670.1992990524840.0124559027271-0.04895099252620.1598651410450.01296142322410.2747861690892.8054889081112.5722835697-8.98395508784
76.96619071756-0.620732646566-2.525892117783.20084193419-3.177588292644.593421153810.2622298022220.415173759487-0.242695136269-0.6125810279020.157987441170.542914336170.541343371137-1.0494223744-0.406610062320.230461713886-0.0136159001161-0.05798624175480.3418090539940.06179711403270.288396840635-42.069190507319.6504658204-38.3895323862
85.18520892662-1.427554196455.255809974822.86698070793-1.466701145355.301544975350.0282308562374-0.705762741824-0.7816387232660.4043033549460.2354952160620.2421867812760.184246465128-1.15366494912-0.3573558662770.2688344272250.011893790084-0.003139074239440.4422375675550.001806437358910.299257757868-30.02985140823.5171461768-23.1065784575
93.262554328620.754059740318-5.161517243132.146947756690.1340630208669.23868572760.002793419158920.1516442555220.464037889173-0.325857610348-0.3187662321730.359609925118-0.3795382440140.4588480822690.3543901815260.2985952854030.0639507217297-0.003888566767940.3585057945260.03880169799220.347346615126-17.430011653527.1817245085-21.5365323056
107.677449275595.043611120320.8927553888068.63594423392-1.768330251187.25462566058-0.2207859006470.06090411459990.663376201658-0.116278157026-0.292201201711-0.067419568852-0.4383685402840.6598971420660.4510776740810.2103702853410.01264109267680.04688069010190.235704471283-0.004267743768930.33566859358-16.149897530931.3354108172-35.0717585493
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 41 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 105 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 106 through 121 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 122 through 141 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 142 through 167 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 42 through 47 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 48 through 55)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 60 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 61 through 75 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 76 through 119 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 120 through 150 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 151 through 166 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 40 through 51)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 52 through 60 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 61 through 68 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 69 through 106 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 107 through 121 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 122 through 144 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 145 through 150 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 151 through 166 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 2 through 9 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 0 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る