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- PDB-8b5a: Human BRD3 bromodomain 2 in complex with a H4 peptide containing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b5a
タイトルHuman BRD3 bromodomain 2 in complex with a H4 peptide containing ApmTri (H4K20ApmTri)
要素
  • Bromodomain-containing protein 3
  • H4K20ApmTri
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / ApmTri / acetyl-lysine mimic / BET-Bromodomain / histone-peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / lysine-acetylated histone binding / chromatin organization / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Braun, M.B. / Bartlick, N. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHW 1163/9-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023
タイトル: Synthesis, Biochemical Characterization, and Genetic Encoding of a 1,2,4-Triazole Amino Acid as an Acetyllysine Mimic for Bromodomains of the BET Family.
著者: Kirchgassner, S. / Braun, M.B. / Bartlick, N. / Koc, C. / Reinkemeier, C.D. / Lemke, E.A. / Stehle, T. / Schwarzer, D.
履歴
登録2022年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年5月24日Group: Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.formula
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: H4K20ApmTri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3022
ポリマ－14,3022
非ポリマー00
水1,36976
1
A: Bromodomain-containing protein 3
B: H4K20ApmTri

A: Bromodomain-containing protein 3
B: H4K20ApmTri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6034
ポリマ－28,6034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area3250 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12350 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.610, 79.610, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 13032.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059
#2: タンパク質・ペプチド H4K20ApmTri


分子量: 1269.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM potassium sodium tatrate 100 mM sodium citrate pH 5.6 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 14001 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 25.2 % / Biso Wilson estimate: 41.79 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 31.84
反射 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Num. unique obs: 1012 / CC1/2: 0.776 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OO1

2oo1


解像度: 1.92→36.73 Å / SU ML: 0.2888 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.3417
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 1248 8.99 %
Rwork0.2136 12633 -
obs0.2168 13881 98.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→36.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数954 0 0 76 1030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63231339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.0212810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-20.47541250.49511282X-RAY DIFFRACTION91.36
2-2.090.25091360.24491387X-RAY DIFFRACTION99.48
2.09-2.20.32271330.25881337X-RAY DIFFRACTION96.33
2.2-2.340.39511340.34631352X-RAY DIFFRACTION95.87
2.34-2.520.24961380.22331404X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.770.25351410.20581415X-RAY DIFFRACTION99.94
2.77-3.170.26341420.21871437X-RAY DIFFRACTION99.81
3.17-40.22231440.19021459X-RAY DIFFRACTION99.81
4-36.730.21871550.18621560X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.5585414241 Å / Origin y: -28.110201011 Å / Origin z: 3.23749531333 Å
111213212223313233
T0.264955933953 Å2-0.0122397986889 Å2-0.0535009753031 Å2-0.342632148701 Å2-0.0698993232227 Å2--0.32728359151 Å2
L1.93575924773 °2-0.0642272406748 °2-0.127877957285 °2-3.77981258243 °2-0.337430747161 °2--3.99491272561 °2
S0.115106652953 Å °-0.189310537885 Å °-0.0625313590602 Å °0.171655941338 Å °0.142045482631 Å °-0.26912490488 Å °0.111423705429 Å °0.28555134317 Å °-0.230660722139 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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