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万見
- PDB-8b53: Structure of porcine pancreatic elastase bound to a fragment of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b53
タイトルStructure of porcine pancreatic elastase bound to a fragment of a 4-azaindole inhibitor
要素Chymotrypsin-like elastase family member 1
キーワードHYDROLASE / elastase / serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methylbenzoic acid / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Gerace, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 2023
タイトル: X-ray structural study of human neutrophil elastase inhibition with a series of azaindoles, azaindazoles and isoxazolones
著者: Gerace, A. / Masini, V. / Crocetti, L. / Giovannoni, M.P. / Ferraroni, M.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin-like elastase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2105
ポリマ－28,8451
非ポリマー3644
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.019, 57.910, 74.519
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elastase-1 / PORCINE PANCREATIC ELASTASE


分子量: 28845.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase

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非ポリマー , 5種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-OVV / 3-methylbenzoic acid / 3-メチル安息香酸


分子量: 136.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.99 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: sodium sulfate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→22.25 Å / Num. obs: 60617 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 685669 / Scaling rejects: 20516
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.25-1.2710.80.4113190629490.9320.130.4324.1100
6.85-22.259.80.0742264310.9950.0220.07319.997.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1QNJ

1qnj


解像度: 1.25→22.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.975 / SU ML: 0.02 / SU R Cruickshank DPI: 0.0345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1354 3007 5 %RANDOM
Rwork0.1123 ---
obs0.1135 57536 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.82 Å2 / Biso mean: 11.145 Å2 / Biso min: 3.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0 Å20 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→22.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1819 0 21 329 2169
Biso mean--20.07 28.62 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0121921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9721.632634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6221.5724003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6825248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.30721.75397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.65415283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5171513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02485
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.8233673
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.157 214 -
Rwork0.142 4189 -
all-4403 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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