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- PDB-8b4h: IstA transposase cleaved donor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b4h
タイトルIstA transposase cleaved donor complex
要素
  • DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
  • DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
  • Putative transposase for insertion sequence element IS5376
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Transposition / Transposase / Cleaved donor complex / DDE domain / IS21 / IstA / Insertion sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH domain, IS21 transposase-type / IS21 transposase-type HTH domain profile. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Putative transposase for insertion sequence element IS5376
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Spinola-Amilibia, M. / de la Gandara, A. / Araujo-Bazan, L. / Berger, J.M. / Arias-Palomo, E.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-120275GB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-89143-P スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: IS21 family transposase cleaved donor complex traps two right-handed superhelical crossings.
著者: Mercedes Spínola-Amilibia / Lidia Araújo-Bazán / Álvaro de la Gándara / James M Berger / Ernesto Arias-Palomo /
要旨: Transposases are ubiquitous enzymes that catalyze DNA rearrangement events with broad impacts on gene expression, genome evolution, and the spread of drug-resistance in bacteria. Here, we use ...Transposases are ubiquitous enzymes that catalyze DNA rearrangement events with broad impacts on gene expression, genome evolution, and the spread of drug-resistance in bacteria. Here, we use biochemical and structural approaches to define the molecular determinants by which IstA, a transposase present in the widespread IS21 family of mobile elements, catalyzes efficient DNA transposition. Solution studies show that IstA engages the transposon terminal sequences to form a high-molecular weight complex and promote DNA integration. A 3.4 Å resolution structure of the transposase bound to transposon ends corroborates our biochemical findings and reveals that IstA self-assembles into a highly intertwined tetramer that synapses two supercoiled terminal inverted repeats. The three-dimensional organization of the IstA•DNA cleaved donor complex reveals remarkable similarities with retroviral integrases and classic transposase systems, such as Tn7 and bacteriophage Mu, and provides insights into IS21 transposition.
履歴
登録2022年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transposase for insertion sequence element IS5376
B: Putative transposase for insertion sequence element IS5376
C: Putative transposase for insertion sequence element IS5376
D: Putative transposase for insertion sequence element IS5376
E: DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
F: DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
G: DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
H: DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,62910
ポリマ－261,5808
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area38990 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area104620 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Putative transposase for insertion sequence element IS5376


分子量: 47687.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The residues annotated as cloning artefact are the following five flanking bases of the X67861 gene
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: 2-Cc-T
詳細 (発現宿主): TEV cleavable MBP-His6 tag at the C-terminus
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q45618
#2: DNA鎖 DNA (57-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)


分子量: 18384.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GB X67861
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (55-MER) / right IS21 transposon end (insertion sequence IS5376)


分子量: 17029.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: GenBank: X67861
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: IstA transposase cleaved donor complex / タイプ: COMPLEX
詳細: Complex of IstA transposase bound to two right IS5376 transposon ends
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.225 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41(DE3) / プラスミド: 2-Cc-T vector (pET derived vector)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESHEPES1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
35 mMMagnesium chlorideMgCl21
41 mM1,4-DithiothreitolDTT1
50.005 %Tween-20Tween-201
試料濃度: 0.119 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.36 sec. / 電子線照射量: 59.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
詳細: Single shot per hole

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9.8モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.19モデル精密化
画像処理詳細: Super-resolution counting mode
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 11094653
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 337376 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 115.818 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00417406
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69824374
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d27.5783838
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0382580
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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