PDB-8b3w: Structure of metacyclic VSG (mVSG) 1954 from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b3w

タイトル

Structure of metacyclic VSG (mVSG) 1954 from Trypanosoma brucei

要素

Variant surface glycoprotein 1954

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / VSG / trypanosome / trypanosoma / metacyclic

機能・相同性

Trypanosome variant surface glycoprotein, B-type, N-terminal domain / Trypanosomal VSG domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / plasma membrane / BROMIDE ION / Variant surface glycoprotein 1954

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.681 Å

データ登録者

Chandra, M. / Stebbins, C.E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2023
タイトル: Structural similarities between the metacyclic and bloodstream form variant surface glycoproteins of the African trypanosome.
著者: Chandra, M. / Dakovic, S. / Foti, K. / Zeelen, J.P. / van Straaten, M. / Aresta-Branco, F. / Tihon, E. / Lubbehusen, N. / Ruppert, T. / Glover, L. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2022年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b3w.cif.gz	199 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b3w.ent.gz	158.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b3w_validation.pdf.gz	746.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b3w_full_validation.pdf.gz	749.1 KB	表示
XML形式データ	8b3w_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	8b3w_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b3bC 8b3eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Variant surface glycoprotein 1954

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Variant surface glycoprotein 1954

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein 1954

ヘテロ分子

A: Variant surface glycoprotein 1954

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.614, 69.614, 115.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-553- HOH
2	1	A-670- HOH
3	1	A-695- HOH

#1: タンパク質

Variant surface glycoprotein 1954

分子量: 37367.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: M4T0T6

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド

分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 1500, 0.4M Sodium Bromide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9198 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.681→60.29 Å / Num. obs: 70911 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 7.45
反射シェル	解像度: 1.681→1.741 Å / Num. unique obs: 3705 / CC_1/2: 0.772

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19-4092-000	精密化
PHENIX	1.19-4092-000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.681→60.288 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	3536	4.99 %
R_work	0.1718	-	-
obs	0.1736	70911	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.681→60.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2509	0	34	250	2793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	3577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.369	1602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	411
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.681-1.7037	0.3689	175	0.3604	2408	X-RAY DIFFRACTION	88
1.7037-1.7281	0.3681	152	0.3445	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7281-1.7539	0.338	94	0.327	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7539-1.7813	0.3584	150	0.3267	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7813-1.8105	0.3273	124	0.3039	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8105-1.8417	0.3651	180	0.2991	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8417-1.8752	0.3155	166	0.2847	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8752-1.9113	0.2775	152	0.2535	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9113-1.9503	0.2901	144	0.2369	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9503-1.9927	0.2129	114	0.2078	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9927-2.039	0.2621	134	0.194	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.039-2.09	0.2152	184	0.1739	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.1465	0.1839	164	0.165	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1465-2.2097	0.2108	120	0.1601	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2097-2.281	0.1842	130	0.1644	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.281-2.3626	0.2035	146	0.1465	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3626-2.4572	0.2065	132	0.1364	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4572-2.569	0.1834	122	0.1388	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.569-2.7044	0.1947	142	0.1405	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7044-2.8739	0.1741	152	0.1362	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8739-3.0958	0.1811	128	0.1366	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0958-3.4073	0.1495	136	0.1273	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4073-3.9002	0.1684	136	0.1236	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9002-4.9136	0.1651	126	0.1317	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9136-60.288	0.1857	133	0.1907	2735	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3116	-0.0608	0.1761	0.2655	0.0048	4.5485	0.0428	-0.0522	-0.0374	0.0825	0.0769	-0.0481	0.2901	0.1963	-0.0871	0.1837	0.0269	-0.0196	0.1474	-0.0018	0.185	6.4486	26.8543	10.1813
2	1.8644	0.1255	0.7621	1.5949	0.8226	3.1333	-0.0387	-0.4061	-0.317	0.271	-0.0337	-0.2167	0.448	0.1503	-0.0151	0.5829	0.1065	-0.1028	0.4559	0.1041	0.4081	8.9993	18.126	45.8361
3	1.3545	-0.0793	-0.5143	1.1691	0.6571	1.9585	-0.1054	-0.1223	-0.0583	0.3035	0.0184	0.085	0.1722	-0.254	0.0369	0.336	-0.0016	-0.0233	0.321	0.0391	0.201	-0.3448	27.728	39.5976
4	0.5562	0.0186	-0.0841	0.6742	0.0685	0.6471	-0.0128	0.0652	-0.103	-0.0498	0.0196	0.0366	0.0282	-0.0105	-0.0007	0.1371	-0.0035	-0.0024	0.1322	-0.0081	0.1702	-2.9848	21.7699	-13.6065
5	0.7743	0.4408	1.5852	0.6368	1.5421	6.1736	-0.0054	-0.097	0.0026	0.111	-0.0008	-0.0548	-0.004	0.0203	0.0701	0.2201	0.0117	-0.0142	0.2058	0.0014	0.1985	1.1616	32.7946	22.6925

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 135 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 136 through 160 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 161 through 340 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 341 through 383 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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