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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8b3b | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of metacyclic VSG (mVSG) 531 from Trypanosoma brucei | ||||||
Components | (Variant surface glycoprotein ...) x 3 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / VSG / trypanosome / trypanosoma / metacyclic | ||||||
| Function / homology | Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / symbiont-mediated evasion of host immune response / plasma membrane / beta-D-mannopyranose / alpha-D-mannopyranose / Variant surface glycoprotein 531 Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.949 Å | ||||||
Authors | Chandra, M. / Stebbins, C.E. | ||||||
| Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Plos Negl Trop Dis / Year: 2023Title: Structural similarities between the metacyclic and bloodstream form variant surface glycoproteins of the African trypanosome. Authors: Chandra, M. / Dakovic, S. / Foti, K. / Zeelen, J.P. / van Straaten, M. / Aresta-Branco, F. / Tihon, E. / Lubbehusen, N. / Ruppert, T. / Glover, L. / Papavasiliou, F.N. / Stebbins, C.E. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8b3b.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8b3b.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8b3b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8b3b_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8b3b_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 8b3b_validation.xml.gz | 108.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8b3b_validation.cif.gz | 153.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/8b3b | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8b3eC ![]() 8b3wC ![]() 5ly9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Variant surface glycoprotein ... , 3 types, 8 molecules ACDGHBEF
| #1: Protein | Mass: 38775.715 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 38874.844 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | Mass: 38704.637 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
|---|
-Sugars , 4 types, 38 molecules 




| #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / #6: Sugar | ChemComp-BMA / #7: Sugar | ChemComp-MAN / |
|---|
-Non-polymers , 1 types, 1339 molecules 
| #8: Water | ChemComp-HOH / |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.56 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 25% PEG 1500, 0.1M MMT buffer pH 6.5, 3% glucose |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 12, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.949→59.09 Å / Num. obs: 195472 / % possible obs: 97.68 % / Redundancy: 3 % / CC1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 4.24 |
| Reflection shell | Resolution: 1.949→2.019 Å / Num. unique obs: 18665 / CC1/2: 0.629 |
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Processing
| Software | Name: PHENIX / Version: 1.19-4092-0000 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5LY9 Resolution: 1.949→59.09 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.49 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.949→59.09 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi





X-RAY DIFFRACTION
Germany, 1items
Citation


PDBj







