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- PDB-8b3k: Crystal structure of human Plexin-B1 (20-535) in the unbound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b3k
タイトルCrystal structure of human Plexin-B1 (20-535) in the unbound state
要素Plexin-B1
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor / unbound / guidance / adherence / neurodevelopment / axonogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor activity / GTPase activating protein binding / RHOD GTPase cycle / inhibitory synapse assembly / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of axonogenesis ...semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor activity / GTPase activating protein binding / RHOD GTPase cycle / inhibitory synapse assembly / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of axonogenesis / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cytoskeleton organization / semaphorin-plexin signaling pathway / synapse assembly / positive regulation of GTPase activity / GTPase activator activity / regulation of cell migration / neuron projection morphogenesis / transmembrane signaling receptor activity / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / regulation of cell shape / postsynaptic membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / intracellular signal transduction / glutamatergic synapse / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plexin-B, PSI domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain ...Plexin-B, PSI domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.685 Å
データ登録者Cowan, R. / Hall, G. / Carr, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Nanobody inhibitors of Plexin-B1 identify allostery in plexin-semaphorin interactions and signaling.
著者: Cowan, R. / Trokter, M. / Oleksy, A. / Fedorova, M. / Sawmynaden, K. / Worzfeld, T. / Offermanns, S. / Matthews, D. / Carr, M.D. / Hall, G.
履歴
登録2022年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Plexin-B1
A: Plexin-B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,97518
ポリマ－112,9582
非ポリマー2,01616
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area41580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)266.692, 266.692, 108.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP


分子量: 56479.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43157
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14150262 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.0 M sodium acetate, 0.2 M cadmium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.685→188.58 Å / Num. obs: 48266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.374 / Rpim(I) all: 0.152 / Rrim(I) all: 0.403 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
11.2-188.5811.60.0638620.9980.0260.068
2.8-2.89144.0943820.6121.644.409

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OL2

3ol2


解像度: 2.685→66.67 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.4571
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 1901 4.99 %Random Selection
Rwork0.1993 ---
obs-36173 69.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.685→66.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7461 0 42 210 7713
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.685-2.750.528655.050.331942.58
2.75-2.830.306135.060.31042446.67
2.83-2.910.3219194.760.322738010.46
2.91-30.4063405.160.310473520.29
3-3.110.41099650.3139182449.5
3.11-3.240.34051604.990.2628304783.21
3.24-3.380.31831914.980.2507364495.84
3.38-3.560.282619450.2011368599.97
3.56-3.780.23441955.020.1843368799.95
3.78-4.080.20221944.980.1667369999.97
4.08-4.490.18261975.020.14743727100
4.49-5.130.17371964.980.1408374099.97
5.14-6.470.22371984.990.1985376799.97
6.47-66.670.27962034.950.2298390098.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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