PDB-8b0d: Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b0d

タイトル

Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum in complex with covalent inhibitor VB151

要素

beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

キーワード

HYDROLASE / b-glucuronidase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidobacterium capsulatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: 4-O-Substituted Glucuronic Cyclophellitols are Selective Mechanism-Based Heparanase Inhibitors.
著者: Borlandelli, V. / Armstrong, Z. / Nin-Hill, A. / Codee, J.D.C. / Raich, L. / Artola, M. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.

履歴

登録	2022年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b0d.cif.gz	180.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b0d.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b0bC 8b0cC 8b0eC 5g0mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum

ヘテロ分子

51.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.461, 43.605, 136.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.685, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum 分子量: 50814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (バクテリア) 株: ATCC 51196 / DSM 11244 / BCRC 80197 / JCM 7670 / NBRC 15755 / NCIMB 13165 / 161 遺伝子: ACP_2665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C1F2K5
#2: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#3: 化合物	ChemComp-OUU / (1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-2-(2-acetamidoethoxy)-3,4,6-tris(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid 分子量: 277.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.5 M AmSO4 1 M LiSO4 0.1 M Trisodium Citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→74.924 Å / Num. obs: 61021 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2988 / CC_1/2: 0.516

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5g0m

5g0m

解像度: 1.62→74.924 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.199 / SU B: 3.307 / SU ML: 0.104 / Average fsc free: 0.7981 / Average fsc work: 0.8124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2259	2969	4.866 %
R_work	0.1976	58052	-
all	0.199	-	-
obs	-	61021	99.577 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.771 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.693 Å²	-0 Å²	3.922 Å²
2-	-	0.278 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.748 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→74.924 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3292	0	29	238	3559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.648	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.432	1.573	7092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.554	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.093	21.943	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.833	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.6	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.042	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.975	3.783	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.971	3.782	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.934	5.659	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.935	5.66	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.403	4.066	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.405	4.059	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.945	5.984	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.949	5.973	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.463	44.442	3872
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.451	44.203	3826

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.62-1.662	0.367	235	0.356	4179	0.357	4463	0.5	0.495	98.9021	0.361
1.662-1.708	0.331	215	0.323	4123	0.323	4375	0.528	0.528	99.1543	0.323
1.708-1.757	0.324	200	0.307	4080	0.308	4315	0.601	0.615	99.1889	0.303
1.757-1.811	0.314	195	0.268	3884	0.271	4110	0.726	0.723	99.2457	0.263
1.811-1.87	0.275	181	0.252	3810	0.253	4016	0.762	0.779	99.3775	0.242
1.87-1.936	0.272	183	0.245	3693	0.246	3897	0.771	0.812	99.4611	0.235
1.936-2.009	0.269	180	0.22	3545	0.222	3737	0.823	0.85	99.6789	0.209
2.009-2.091	0.268	211	0.213	3433	0.216	3656	0.869	0.889	99.6718	0.204
2.091-2.184	0.235	163	0.191	3308	0.193	3481	0.911	0.922	99.7127	0.183
2.184-2.291	0.242	140	0.194	3170	0.196	3317	0.906	0.921	99.789	0.186
2.291-2.414	0.263	158	0.186	2999	0.19	3166	0.897	0.931	99.7157	0.181
2.414-2.561	0.238	129	0.182	2858	0.184	2990	0.925	0.94	99.8997	0.176
2.561-2.737	0.238	153	0.186	2671	0.189	2828	0.923	0.936	99.8586	0.183
2.737-2.956	0.26	130	0.203	2478	0.206	2608	0.902	0.925	100	0.202
2.956-3.238	0.232	111	0.201	2323	0.202	2434	0.929	0.935	100	0.202
3.238-3.619	0.193	106	0.178	2096	0.178	2202	0.942	0.954	100	0.184
3.619-4.177	0.148	75	0.156	1880	0.156	1955	0.964	0.963	100	0.165
4.177-5.112	0.178	91	0.153	1571	0.155	1663	0.969	0.969	99.9399	0.166
5.112-7.213	0.198	74	0.199	1234	0.199	1309	0.955	0.929	99.9236	0.205
7.213-74.924	0.192	39	0.208	718	0.207	759	0.954	0.957	99.7365	0.231

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)