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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b06 | ||||||
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タイトル | TRYPTOPHAN SYNTHASE - Cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 25 sec | ||||||
要素 | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
キーワード | LYASE / Trytophan Synthase / Time-resolved crystallography | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. ...Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger simplifies time-resolved crystallography. 著者: Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / ...著者: Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b06.cif.gz | 303 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b06.ent.gz | 202.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b06.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b06_validation.pdf.gz | 1000.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b06_full_validation.pdf.gz | 999 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8b06_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b06_validation.cif.gz | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b06 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8aw8C 8aw9C 8awbC 8awcC 8awdC 8aweC 8awfC 8awsC 8awuC 8awvC 8awxC 8awyC 8b03C 8b05C 8b08C 8b2oC 8b2vC 8b2wC 8b3mC 2wsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: trpA, STM1727 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: trpB, STM1726 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase |
-非ポリマー , 5種, 58分子
#3: 化合物 | ChemComp-PLP / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-CS / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-SER / | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 300, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.49→43.54 Å / Num. obs: 24816 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.253 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 173171 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2WSY 解像度: 2.49→43.54 Å / SU ML: 0.3419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3877 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.49→43.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 65.7911186477 Å / Origin y: 17.7221800536 Å / Origin z: 15.4440755711 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |