PDB-8azb: Crystal Structure of the peptide binding protein DppE from Bacill...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8azb

タイトル

Crystal Structure of the peptide binding protein DppE from Bacillus subtilis in the unliganded state

要素

Dipeptide-binding protein DppE

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Peptide-binding protein / murein tripeptide / Bacillus subtilis

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Hughes, A.M. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2022
タイトル: Peptide transport in Bacillus subtilis - structure and specificity in the extracellular solute binding proteins OppA and DppE.
著者: Hughes, A.M. / Darby, J.F. / Dodson, E.J. / Wilson, S.J. / Turkenburg, J.P. / Thomas, G.H. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2022年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8azb.cif.gz	219.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8azb.ent.gz	168 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8azb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8azb_validation.pdf.gz	419.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8azb_full_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示
XML形式データ	8azb_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	8azb_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/8azb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/8azb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8areC 8arnC 8ay0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dipeptide-binding protein DppE

59.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.530, 91.080, 106.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dipeptide-binding protein DppE 分子量: 59501.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: dppE, dciAE, BSU12960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26906
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Ligand free DppE was crystallised in a sitting drop formed by mixing 150 nl of the unliganded protein at 9 mg.ml-1 with 150 nl of 0.1 M MIB buffer pH 4.0, 25 % (w/v) PEG 1500.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→46.09 Å / Num. obs: 104801 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 20.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.67-46.05	6.6	0.034	734	0.996	0.02	0.039
1.4-1.42	4.4	0.344	5040	0.886	0.262	0.436

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
autoPROC		data processing
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8AY0

8ay0

解像度: 1.4→46.089 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 0.994 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	5232	4.997 %
R_work	0.1806	99479	-
all	0.182	-	-
obs	-	104711	99.491 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.239 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.319 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.558 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.089 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4029	0	0	513	4542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.81	1.649	5717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.593	1.567	8704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.4	5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.791	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.087	10	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.407	10	220
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.34	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.657	1.612	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.655	1.611	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.423	2.424	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.425	2.425	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.888	1.893	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.883	1.891	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.219	2.723	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.218	2.723	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.46	26.012	4837
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.279	23.454	4699

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.267	354	0.226	7225	0.228	7697	0.959	0.968	98.4669	0.208
1.436-1.476	0.324	387	0.278	7094	0.28	7500	0.922	0.942	99.7467	0.266
1.476-1.518	0.252	346	0.229	6856	0.23	7294	0.961	0.969	98.7387	0.198
1.518-1.565	0.21	348	0.185	6708	0.186	7058	0.969	0.977	99.9717	0.166
1.565-1.616	0.205	326	0.168	6544	0.17	6872	0.972	0.982	99.9709	0.15
1.616-1.673	0.189	354	0.159	6319	0.161	6674	0.977	0.984	99.985	0.145
1.673-1.736	0.202	301	0.165	6120	0.167	6421	0.971	0.982	100	0.151
1.736-1.807	0.211	332	0.163	5866	0.166	6199	0.972	0.983	99.9839	0.152
1.807-1.887	0.2	296	0.166	5659	0.168	5956	0.973	0.982	99.9832	0.158
1.887-1.979	0.293	228	0.279	5327	0.28	5710	0.922	0.932	97.2855	0.247
1.979-2.086	0.194	266	0.174	5153	0.175	5424	0.979	0.982	99.9078	0.173
2.086-2.212	0.177	275	0.166	4867	0.167	5142	0.981	0.983	100	0.169
2.212-2.364	0.273	250	0.241	4546	0.243	4849	0.934	0.947	98.907	0.22
2.364-2.553	0.169	232	0.151	4293	0.152	4528	0.983	0.986	99.9337	0.161
2.553-2.796	0.192	203	0.158	3987	0.16	4190	0.977	0.984	100	0.173
2.796-3.125	0.197	213	0.167	3595	0.169	3809	0.975	0.982	99.9737	0.186
3.125-3.605	0.201	166	0.169	3185	0.171	3364	0.975	0.982	99.6136	0.192
3.605-4.409	0.192	161	0.156	2715	0.158	2887	0.979	0.986	99.619	0.183
4.409-6.207	0.188	130	0.155	2145	0.156	2278	0.984	0.989	99.8683	0.183
6.207-46.089	0.197	64	0.176	1276	0.178	1359	0.98	0.978	98.6019	0.211

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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