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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ayi | ||||||
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タイトル | Scalindua brodae amxFabZ H48N mutant | ||||||
要素 | Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Fatty acid biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / HotDog domain superfamily / Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Dietl, A. / Barends, T. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structures of an unusual 3-hydroxyacyl dehydratase (FabZ) from a ladderane-producing organism with an unexpected substrate preference. 著者: Dietl, A. / Wellach, K. / Mahadevan, P. / Mertes, N. / Winter, S.L. / Kutsch, T. / Walz, C. / Schlichting, I. / Fabritz, S. / Barends, T.R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ayi.cif.gz | 74 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ayi.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ayi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ayi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ayi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17348.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) 遺伝子: SCABRO_02230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EHL2 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0 M Sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.000001 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.955→31.582 Å / Num. obs: 11349 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 61.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.955→2.039 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.437 / Num. unique obs: 568 / CC1/2: 0.271 / % possible all: 43.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1U1Z 解像度: 2.2→31.58 Å / SU ML: 0.2221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.4907 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -2.03804716567 Å / Origin y: 21.8901085069 Å / Origin z: 5.48572001349 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 1 through 141) |