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- PDB-8ayf: Crystal structure of human Sphingosine-1-phosphate lyase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ayf
タイトルCrystal structure of human Sphingosine-1-phosphate lyase 1
要素Sphingosine-1-phosphate lyase 1
キーワードLYASE / S1P / lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


sphinganine-1-phosphate aldolase / Sphingolipid catabolism / sphinganine-1-phosphate aldolase activity / luteinization / ceramide metabolic process / Leydig cell differentiation / fibroblast migration / sphingolipid catabolic process / face morphogenesis / estrogen metabolic process ...sphinganine-1-phosphate aldolase / Sphingolipid catabolism / sphinganine-1-phosphate aldolase activity / luteinization / ceramide metabolic process / Leydig cell differentiation / fibroblast migration / sphingolipid catabolic process / face morphogenesis / estrogen metabolic process / skeletal system morphogenesis / roof of mouth development / hemopoiesis / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / androgen metabolic process / regulation of multicellular organism growth / vasculogenesis / post-embryonic development / kidney development / fatty acid metabolic process / apoptotic signaling pathway / pyridoxal phosphate binding / spermatogenesis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
: / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Sphingosine-1-phosphate lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Giardina, G. / Catalano, F. / Pampalone, G. / Cellini, B.
資金援助 イタリア, 3件
組織認可番号国
Other governmentRP11916B407928AA イタリア
Other governmentRM12117A5BDD4AEC イタリア
Other privateFFC#16/2020 イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Dual species sphingosine-1-phosphate lyase inhibitors to combine antifungal and anti-inflammatory activities in cystic fibrosis: a feasibility study.
著者: Cellini, B. / Pampalone, G. / Camaioni, E. / Pariano, M. / Catalano, F. / Zelante, T. / Dindo, M. / Macchioni, L. / Di Veroli, A. / Galarini, R. / Paoletti, F. / Davidescu, M. / Stincardini, ...著者: Cellini, B. / Pampalone, G. / Camaioni, E. / Pariano, M. / Catalano, F. / Zelante, T. / Dindo, M. / Macchioni, L. / Di Veroli, A. / Galarini, R. / Paoletti, F. / Davidescu, M. / Stincardini, C. / Vascelli, G. / Bellet, M.M. / Saba, J. / Giovagnoli, S. / Giardina, G. / Romani, L. / Costantini, C.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.22024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingosine-1-phosphate lyase 1
B: Sphingosine-1-phosphate lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2996
ポリマ－109,9972
非ポリマー3024
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14490 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area30870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.160, 127.410, 66.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sphingosine-1-phosphate lyase 1 / S1PL / SP-lyase 1 / SPL 1 / hSPL / Sphingosine-1-phosphate aldolase


分子量: 54998.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed as a deletion mutant of the first 81 residues - Delta81
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGPL1, KIAA1252 / プラスミド: pET28-b
詳細 (発現宿主): co transformed with pGRO7 plasmid from Takara containing GroEL and GroES chaperonins
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O95470, sphinganine-1-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 % / 解説: Platelets
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein solution: hSPL 108uM in Tris-HCl 20 mM pH 8.0 NaCl 150 mM DTT 1mM Glycerol 5% Precipitant: (Hit G4 of Molecular Dimension screen Morpheus) 0.02M Sodium formate; 0.02M Ammonium acetate; ...詳細: Protein solution: hSPL 108uM in Tris-HCl 20 mM pH 8.0 NaCl 150 mM DTT 1mM Glycerol 5% Precipitant: (Hit G4 of Molecular Dimension screen Morpheus) 0.02M Sodium formate; 0.02M Ammonium acetate; 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate; 0.02M Potassium sodium tartrate tetrahydrate; 0.02M Sodium oxamate; Imidazole 0.05M; MES monohydrate (acid) 0.05M; 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350 mixing volumes: 0.3 + 0.3 uL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日
詳細: Cilindrical Mirror with 50 nm Pt-coating Radius (calculated) = 14 km Distance from source = 21200 mm Incidence angle = 3 mrad Active length = 1200 mm
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 with LN2 closed loop cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→57.76 Å / Num. obs: 47604 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.84→2.09 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2380 / CC1/2: 0.421 / % possible all: 67.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.532
最高解像度最低解像度
Rotation57.7 Å2.31 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q6R

4q6r


解像度: 1.84→57.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.1816 / WRfactor Rwork: 0.16 / FOM work R set: 0.8278 / SU B: 4.289 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.2877 / SU Rfree: 0.1937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 2499 5.2 %RANDOM
Rwork0.1907 ---
obs0.192 45105 57.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.44 Å2 / Biso mean: 21.609 Å2 / Biso min: 8.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→57.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6858 0 28 319 7205
Biso mean--23.87 27.82 -
残基数----891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0127079
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.0166472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.6429599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5181.55615042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.445896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.549536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.486101125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021439
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.886 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 5 -
Rwork0.282 149 -
obs--2.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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