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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ayd
タイトルAnammox-specific FabZ from the annamox bacterium Kuenenia stuttgartiensis
要素3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / lipid synthesis / ladderane / dehydratase
機能・相同性Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / HotDog domain superfamily / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
機能・相同性情報
生物種Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dietl, A. / Barends, T.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)724362 - STePLADDEREuropean Union
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of an unusual 3-hydroxyacyl dehydratase (FabZ) from a ladderane-producing organism with an unexpected substrate preference.
著者: Dietl, A. / Wellach, K. / Mahadevan, P. / Mertes, N. / Winter, S.L. / Kutsch, T. / Walz, C. / Schlichting, I. / Fabritz, S. / Barends, T.R.M.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
BA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
CA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4203
ポリマ－52,4203
非ポリマー00
水21612
1
AA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
BA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
CA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ

AA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
BA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
CA: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 105 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8406
ポリマ－104,8406
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area15520 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area32610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.350, 75.350, 179.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ / Strongly similar to hydroxymyristoyl acyl carrier protein dehydratase


分子量: 17473.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
遺伝子: fabZ, fabZ_2, KsCSTR_20940, KSMBR1_3473, kuste3604
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1Q2X5, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.3 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47 Å / Num. obs: 13435 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 75.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.833 / Num. unique obs: 1223 / CC1/2: 0.844

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UIZ

1uiz


解像度: 2.8→46.9 Å / SU ML: 0.4059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.3014
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 690 5.14 %
Rwork0.2519 12742 -
obs0.2536 13432 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3233 0 0 12 3245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00433290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97664448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0608542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0118428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.020.36861550.32982446X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.320.38151280.30582496X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.80.28571470.26812503X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.790.25761330.21812552X-RAY DIFFRACTION99.93
4.79-46.90.26141270.24432745X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6503782782-0.3786105468730.9961035598525.170154321120.7677572719893.26952019837-1.03602700302-0.3251545905720.614921159590.3580226452110.3798845818240.0172220304512-0.8820925978790.4156360511360.4893766667740.983815124677-0.0283808238998-0.2542875885920.5520170763880.008803670891110.440951211188.3604101655234.12694007816.54063187997
25.82827266518-0.983321130366-0.4776311953143.93345464537-0.1052375200253.07393180225-0.6114226485160.490467956477-0.443509568547-0.04088357805370.251323040913-0.0389610275540.2773544968470.3677848242840.343304661740.710321810632-0.07977350899280.2016165957360.682425410135-0.05829099558670.4749892839821.858819458411.7098305466-5.37375253405
32.549242440690.277283911862-0.4622191361482.70900622268-0.5932608965170.705909100398-0.567279673072-0.48772637425-1.498476756810.3134400898260.103515638931-0.2156901492710.5896020074360.5461277376420.07759863688741.128295465060.3107661540260.6138989094080.646822553050.1799927400061.2325464239514.4576444668-1.87230221676.83264071382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'AA' and resid 1 through 146)AA1 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'BA' and resid 1 through 145)BA1 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'CA' and resid 10 through 154)CA10 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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