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万見
- PDB-1uiz: Crystal Structure Of Macrophage Migration Inhibitory Factor From ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uiz
タイトルCrystal Structure Of Macrophage Migration Inhibitory Factor From Xenopus Laevis.
要素Macrophage Migration Inhibitory Factor
キーワードCYTOKINE / Tautomerase / Macrophage Migration Inhibitory Factor / MIF
機能・相同性
機能・相同性情報


dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / cytokine activity / inflammatory response / innate immune response / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Suzuki, M. / Takamura, Y. / Maeno, M. / Tochinai, S. / Iyaguchi, D. / Tanaka, I. / Nishihira, J. / Ishibashi, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Xenopus laevis Macrophage Migration Inhibitory Factor Is Essential for Axis Formation and Neural Development.
著者: Suzuki, M. / Takamura, Y. / Maeno, M. / Tochinai, S. / Iyaguchi, D. / Tanaka, I. / Nishihira, J. / Ishibashi, T.
履歴
登録2003年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage Migration Inhibitory Factor
B: Macrophage Migration Inhibitory Factor
C: Macrophage Migration Inhibitory Factor
D: Macrophage Migration Inhibitory Factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0454
ポリマ－50,0454
非ポリマー00
水93752
1
A: Macrophage Migration Inhibitory Factor
B: Macrophage Migration Inhibitory Factor
C: Macrophage Migration Inhibitory Factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5343
ポリマ－37,5343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
2
D: Macrophage Migration Inhibitory Factor

D: Macrophage Migration Inhibitory Factor

D: Macrophage Migration Inhibitory Factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5343
ポリマ－37,5343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.410, 94.410, 115.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細The biological assembly is a trimer generated from chain A, B and C. Chain D generates a trimer by the operations: -y, x-y, z and -x+y, -x, z.

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要素

#1: タンパク質
Macrophage Migration Inhibitory Factor / MIF


分子量: 12511.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 38603569, UniProt: Q76BK2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月13日
放射モノクロメーター: Confocal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 13284 / Num. obs: 12890 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 52.9 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1264 -RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.244 12749 --
obs0.244 12749 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.05 Å26.17 Å20 Å2
2--2.05 Å20 Å2
3----4.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3500 0 0 52 3552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.528
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.704
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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