PDB-8ayb: anammox-specific FabZ from Scalindua brodae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ayb

タイトル

anammox-specific FabZ from Scalindua brodae

要素

Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / ladderane / lipid biosynthesis / dehydratase

機能・相同性

Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / lyase activity / Roll / Alpha Beta / Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dietl, A. / Barends, T.R.M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structures of an unusual 3-hydroxyacyl dehydratase (FabZ) from a ladderane-producing organism with an unexpected substrate preference.
著者: Dietl, A. / Wellach, K. / Mahadevan, P. / Mertes, N. / Winter, S.L. / Kutsch, T. / Walz, C. / Schlichting, I. / Fabritz, S. / Barends, T.R.M.

履歴

登録	2022年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ayb.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ayb.ent.gz	49.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ayb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ayb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ayb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qv0C 8aycC 8aydC 8ayiC 1uizS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	x-y,-y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	-x,-x+y,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.640, 104.640, 82.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-256- HOH
2	1	A-257- HOH
3	1	A-258- HOH

#1: タンパク質	Beta-hydroxyacyl-(Acyl-carrier-protein) dehydratase 分子量: 15554.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) 遺伝子: SCABRO_02230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EHL2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.6 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.033217 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033217 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 15501 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 9.1 % / B_iso Wilson estimate: 35.26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2237 / CC_1/2: 0.847

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UIZ

1uiz

解像度: 1.8→39.66 Å / SU ML: 0.1724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.1664
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	776	5.01 %
R_work	0.1846	14725	-
obs	0.1855	15501	96.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1021	0	0	59	1080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	1040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8623	1405
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0612	169
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	176
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.559	381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.91	0.2424	112	0.2323	2125	X-RAY DIFFRACTION	84.73
1.91-2.06	0.2724	124	0.1957	2346	X-RAY DIFFRACTION	92.41
2.06-2.27	0.2216	132	0.1839	2518	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.27-2.6	0.2319	134	0.1885	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-3.27	0.2139	135	0.2028	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-39.66	0.1812	139	0.1726	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.97843532239 Å / Origin y: 21.8411875824 Å / Origin z: 5.58195911304 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.399550804767 Å²	0.0317172003692 Å²	0.16861175102 Å²	-	0.294398919073 Å²	-0.0259926765813 Å²	-	-	0.409191063271 Å²
L	2.15715380857 °²	-0.374440777464 °²	0.154128155517 °²	-	0.740441205406 °²	-0.0753082787114 °²	-	-	1.41005396975 °²
S	0.113900532725 Å °	-0.125719014766 Å °	0.475417809691 Å °	0.0398453008206 Å °	0.23130591784 Å °	-0.113724395038 Å °	-0.248276639254 Å °	-0.0563207882233 Å °	0.0854996134574 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: (chain 'A' and resid 1 through 141)

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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