PDB-8aya: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-A10-HAB1 TERNARY COMPLEX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aya

タイトル

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-A10-HAB1 TERNARY COMPLEX

要素

Abscisic acid receptor PYL1
Protein phosphatase 2C 16

キーワード

PLANT PROTEIN / CsPYL1 / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrus sinensis (オレンジ)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.742 Å

データ登録者

Infantes, L. / Albert, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought.
著者: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...

履歴

登録	2022年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aya.cif.gz	258.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aya.ent.gz	170.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8aya_validation.pdf.gz	822.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aya_full_validation.pdf.gz	829.9 KB	表示
XML形式データ	8aya_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	8aya_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8aya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8aya	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zucC 8ay3C 8ay6C 8ay7C 8ay8C 8ay9C 5mn0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL1

B: Protein phosphatase 2C 16

ヘテロ分子

61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.340, 62.942, 187.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL1 分子量: 23250.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666
#2: タンパク質	Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1 分子量: 36987.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

#1: タンパク質

Abscisic acid receptor PYL1

分子量: 23250.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666

#2: タンパク質

Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1

分子量: 36987.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 280分子

#3: 化合物	ChemComp-A1O / Quinabactin / 1-(4-methylphenyl)-N-(2-oxo-1-propyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl)methanesulfonamide / キナバクチン分子量: 372.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.742→42.23 Å / Num. obs: 53459 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 29.06 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.027 / R_rim(I) all: 0.03818 / Net I/σ(I): 11.69
反射シェル	解像度: 1.742→1.804 Å / R_merge(I) obs: 0.8206 / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 5108 / CC_1/2: 0.541 / R_rim(I) all: 1.16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	2018	データ削減
XDS	2018	データスケーリング
PHENIX	1.19.2-4158	位相決定
PHENIX	1.19.2-4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5mn0

5mn0

解像度: 1.742→42.23 Å / SU ML: 0.234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 24.054
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	5001	4.95 %
R_work	0.1772	96103	-
obs	0.1786	53459	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.742→42.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3801	0	39	271	4111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	3904
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8038	5280
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0584	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	682
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.9795	535

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.742-1.76	0.4405	126	0.3646	2867	X-RAY DIFFRACTION	89.77
1.76-1.78	0.3506	168	0.3274	3252	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.78-1.8	0.351	180	0.3245	3226	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.8-1.83	0.3249	146	0.309	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.85	0.3131	140	0.306	3249	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.85-1.88	0.3457	207	0.3016	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.9	0.3452	146	0.2905	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.9-1.93	0.2802	182	0.249	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.96	0.2685	191	0.2507	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.96-1.99	0.2505	170	0.2288	3130	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.99-2.03	0.2415	196	0.2148	3215	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.03-2.07	0.2322	154	0.2005	3262	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.07-2.1	0.2752	133	0.1966	3197	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.1-2.15	0.2704	139	0.2038	3257	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.15-2.19	0.2282	146	0.1973	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.1893	155	0.1719	3222	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.25-2.3	0.1932	176	0.1757	3229	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.3-2.36	0.1956	200	0.1773	3142	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.36-2.43	0.229	151	0.1656	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.43-2.51	0.1996	183	0.1649	3201	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.51-2.6	0.2106	159	0.1743	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.71	0.2167	185	0.1712	3221	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.71-2.83	0.2082	170	0.1694	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.98	0.1839	165	0.1659	3210	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.98-3.16	0.2248	164	0.1592	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.17-3.41	0.1783	162	0.1571	3204	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.41-3.75	0.1865	176	0.1444	3187	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.75-4.29	0.1653	166	0.1387	3263	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.3-5.41	0.1693	176	0.1495	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
5.41-42.23	0.1722	189	0.1873	3180	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.901501694215	0.285864019175	-0.0740419771167	1.43795212009	0.544928607797	0.853781849131	0.00174620609076	0.0380937913118	-0.09642032839	0.581542044266	0.0667189038835	-0.457185172176	0.0720373785923	0.0711595850815	0.0151956778779	0.558853426023	0.0171311851688	-0.0740248935316	0.308374770414	0.0191043538862	0.406184116061	12.0836679856	7.15226773643	52.1182644326
2	1.56491428664	-0.964172581855	-0.0974412151764	6.47464957075	1.69374859591	3.04289470552	0.0344348813774	-0.532316278894	-0.0295246654178	0.789115079051	-0.0470334214553	0.256534174852	0.198361868794	-0.128565469228	0.0437996665814	0.60108946332	-0.00806382611124	-0.0584045210997	0.419673885789	0.0774895390886	0.314932399402	5.13689104219	8.01477123199	58.4233633827
3	1.97602975798	0.562364997285	0.333648072667	1.78521042803	-0.532280225122	1.61385368089	0.0721586359047	-0.00239300332416	-0.0461185843232	0.428473049712	-0.138870206134	-0.0495444535637	0.248916630129	0.0571328098902	0.0277617365957	0.434145466097	-0.020681468864	-0.000908528994585	0.222968727762	0.0126799794414	0.229223237352	1.43065120039	6.74221088145	47.1575032025
4	-0.0106815726421	0.322999832686	-0.346457138284	2.9685851628	-2.01233260774	2.34330686174	0.250307626881	-0.0299999632573	0.168544258508	0.17687026316	-0.046908987856	0.688335767348	0.28033548882	-0.101596607845	-0.191949318837	0.443461113498	-0.0590339234799	0.0452023339089	0.326652494044	0.0362787611048	0.310749908857	-9.00393589898	6.12224448423	37.3544451141
5	1.02892051099	-0.32160214955	-0.0140676887633	1.83029827397	-1.03092053744	2.61475926809	-0.0171147564836	0.216449108576	-0.130347421464	0.0472067290051	0.212739865007	0.357053922337	0.596958447457	-0.414118673281	-0.167933666898	0.439383835537	-0.0750258732455	-0.0229229310676	0.261366154817	0.0178386428389	0.299312529135	-7.43171300549	-0.00960029863365	31.0276024717
6	0.808169312862	0.045161805413	-0.882725969603	0.778114502528	0.633108712814	3.6130441249	0.22398627107	-0.436063788807	-0.103267572594	0.395833108815	-0.143889073492	0.121227501729	0.0111657691427	0.381189041807	-0.0773115409148	0.5997557172	-0.136334559176	-0.00416966792985	0.300801456346	0.0269623922552	0.273936933863	-4.39514535851	-2.50280028065	43.7180175124
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8	3.09148743212	0.521481833422	-1.5223185818	1.8880729682	0.289948798661	3.09831984268	0.0789470673415	0.356321445937	0.182246895849	0.353162295631	-0.0265061081089	-0.181492932463	0.270591035276	-0.254880536691	-0.0608126595879	0.346597331532	0.0377971025787	-0.0434839997169	0.254478223525	0.0291855278463	0.261584463182	6.37284594283	7.38120737796	42.1724097613
9	2.70097126648	0.655623812666	-2.03833499005	1.97093756496	-0.113211228878	2.60621839267	0.254109316329	-0.309128856178	0.446005768684	0.13083346645	0.038384468471	-0.0514092564845	-0.0736475417228	0.187411135135	-0.147227472268	0.38536135103	-0.00757118449843	-0.00411456518262	0.314605051135	0.00414720072335	0.251555101398	1.11942379927	13.810374314	39.9189841073
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15	1.72711394343	0.0236863213078	-0.60416700674	1.41921239752	1.09844496279	1.57953428161	0.00040733139108	0.326626970887	0.0515508028744	-0.43815625144	0.090878671763	0.223762949522	-0.00451851685415	-0.184150431627	-0.0232171361682	0.178727182622	-0.0148875967954	-0.0186865741906	0.280120058673	0.0274526297051	0.223510025941	0.344029931397	22.4548008605	-2.9456035257

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 78 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 90 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 91 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 133 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 134 through 162 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 163 through 181 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 182 through 208 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 186 through 212 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 213 through 248 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 249 through 368 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 369 through 458 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 459 through 487 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 488 through 507 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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