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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8aya | ||||||
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Title | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-A10-HAB1 TERNARY COMPLEX | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / CsPYL1 / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Infantes, L. / Albert, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought. Authors: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...Authors: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. / Monteiro, A. / Rodriguez, R. / Cruces, J. / Rodriguez, P.L. / Albert, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 258.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 170.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 822.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 829.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zucC ![]() 8ay3C ![]() 8ay6C ![]() 8ay7C ![]() 8ay8C ![]() 8ay9C ![]() 5mn0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23250.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 36987.391 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase |
-Non-polymers , 5 types, 280 molecules ![](data/chem/img/A1O.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-A1O / | ||||
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#4: Chemical | ChemComp-GOL / | ||||
#5: Chemical | ChemComp-MN / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / Details: PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 31, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.742→42.23 Å / Num. obs: 53459 / % possible obs: 99.61 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 29.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rrim(I) all: 0.03818 / Net I/σ(I): 11.69 |
Reflection shell | Resolution: 1.742→1.804 Å / Rmerge(I) obs: 0.8206 / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 5108 / CC1/2: 0.541 / Rrim(I) all: 1.16 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5mn0 Resolution: 1.742→42.23 Å / SU ML: 0.234 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / Phase error: 24.054 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.742→42.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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