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- PDB-8ay7: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ay7
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1(V112L, T135L,F137I, T153I, V168A)-iSB7-HAB1 TERNARY COMPLEX
要素
  • Abscisic acid receptor PYL1
  • Protein phosphatase 2C 16
キーワードPLANT PROTEIN / CsPYL1_5M / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / signaling receptor activity / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-S5N / Abscisic acid receptor PYL1 / Protein phosphatase 2C 16
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus sinensis (オレンジ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.131 Å
データ登録者Infantes, L. / Albert, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought.
著者: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...著者: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. / Monteiro, A. / Rodriguez, R. / Cruces, J. / Rodriguez, P.L. / Albert, A.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年2月28日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL1
B: Protein phosphatase 2C 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,40716
ポリマ－60,2992
非ポリマー1,10814
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.821, 62.724, 186.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL1


分子量: 23269.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Citrus sinensis (オレンジ) / 遺伝子: CISIN_1g046151mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A067E666
#2: タンパク質 Protein phosphatase 2C 16 / AtPP2C16 / AtP2C-HA / Protein HYPERSENSITIVE TO ABA 1 / Protein phosphatase 2C HAB1 / PP2C HAB1


分子量: 37029.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 92分子

#3: 化合物 ChemComp-S5N / N-((1,4-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-6-yl)methyl)benzenesulfonamide / ~{N}-[(1,4-dimethyl-2-oxidanylidene-quinolin-6-yl)methyl]benzenesulfonamide;


分子量: 342.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 30% PEG3350 0.5M CaCl2 Drop 1:1 / PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.131→44.21 Å / Num. obs: 28817 / % possible obs: 98.91 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 46.85 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1141 / Rrim(I) all: 0.1255 / Net I/σ(I): 7.37
反射 シェル解像度: 2.131→2.207 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.306 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 2638 / CC1/2: 0.695 / CC star: 0.906 / Rrim(I) all: 1.443 / % possible all: 92.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS2019データ削減
XDS2019データスケーリング
PHENIX1.19.2-4158位相決定
PHENIX1.19.2-4158精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5mn0

5mn0


解像度: 2.131→44.21 Å / SU ML: 0.2965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.63 / 位相誤差: 29.0721
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 2649 4.96 %
Rwork0.1909 50759 -
obs0.1938 28817 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.131→44.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3802 0 57 78 3937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94445293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.17321456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.131-2.170.34061440.31162323X-RAY DIFFRACTION84.86
2.17-2.210.35421200.29152656X-RAY DIFFRACTION99.07
2.21-2.260.37841490.28772744X-RAY DIFFRACTION99.18
2.26-2.30.30061380.27162672X-RAY DIFFRACTION99.12
2.3-2.360.33181850.25992651X-RAY DIFFRACTION98.85
2.36-2.420.3731510.26022669X-RAY DIFFRACTION98.26
2.42-2.480.30681280.25472668X-RAY DIFFRACTION99.29
2.48-2.560.25411080.23782745X-RAY DIFFRACTION99.51
2.56-2.640.2965920.2362784X-RAY DIFFRACTION99.62
2.64-2.730.32281590.22462688X-RAY DIFFRACTION99.44
2.73-2.840.3411240.22332743X-RAY DIFFRACTION99.51
2.84-2.970.27751330.22082683X-RAY DIFFRACTION99.33
2.97-3.130.29691650.1932683X-RAY DIFFRACTION98.38
3.13-3.320.28731480.19212688X-RAY DIFFRACTION98.64
3.32-3.580.21911530.1712667X-RAY DIFFRACTION98.74
3.58-3.940.20661440.162675X-RAY DIFFRACTION98.88
3.94-4.510.19861300.15832657X-RAY DIFFRACTION97.35
4.51-5.680.20661350.16252662X-RAY DIFFRACTION97.69
5.68-44.210.2221430.17532701X-RAY DIFFRACTION99.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.24899949545-2.378405586370.7304696489177.07610153496-1.285717445042.034037718730.15454768551-0.809437611727-0.1055500695920.7697351706590.0726259115175-0.3407459646470.495347398777-0.0938516847692-0.1636150211880.7937404562090.0721770701385-0.1457628726460.7243149687610.03469982986080.5013761590868.675729871637.448982976255.1851565943
22.72781569569-0.163671279575-0.2930387586532.28690691707-0.4526988689052.22783372098-0.00948338755305-0.126168767952-0.2534269156370.1188281981-0.0761592561984-0.2969023598740.3639233196910.520325821580.07382136385990.7148518940930.0856091570799-0.06275603082030.6194351510670.06759605378660.4683690162239.335253710724.5209917277544.8743765259
33.59850107479-0.954300489004-2.497605412281.653551158941.20445049137.49071584405-0.0689110939203-0.0306185723046-0.3440005743120.3320437383430.0425051025470.3609128517161.03792170096-0.6073583766760.03794657905220.519933885738-0.0858380677662-0.01582288487580.4342600642090.03764913070550.402337424532-7.094230824981.9332398342138.2838347527
42.162914415232.91243906471-1.070713983499.255895561620.7694413550776.79353323035-0.1320200576380.493277768037-0.5889553863650.2209263624180.278286674323-0.436391539108-0.0139633706713-0.197118659229-0.1510790354430.4664760140990.0012993853009-0.06210521967160.475499220365-0.02774539279340.4545155674846.905475016670.9050808674529.8439278928
55.820525297460.878340025453-0.4536361754192.758186434470.196543744095.914177020710.211771067477-0.2286410277790.2557056093680.591758063385-0.2696043369790.060872601320.172639413312-0.5097099092690.1695966271710.600494971413-0.0383974986194-0.01527152885920.3776753482360.07726781038720.3760473786892.729602367948.2424901300547.0234904752
62.65648440803-2.82518977205-7.22181633184.266555691852.30634221077.300774217520.738528545504-0.6043426538220.714228381225-0.253694173189-0.0478919556244-0.216821076198-0.08313981670040.525937138758-0.731586293480.582019911328-0.0090452904828-0.03432506872960.43108185876-0.0134105220080.330113224082.219964994213.64961791239.4235752722
72.074746990691.6173243418-3.6489104952.00949806732-3.033273303892.070077768230.162935665647-0.209098488791.097741815320.22141170054-0.1873459037490.641719433326-0.4400977816730.6183651178940.1058422828980.6038451021520.0442384028801-0.138628683730.443596539234-0.05042980802350.501574489549-7.3531714401132.9861886025-4.66244250337
81.277658471451.45171662-1.421156355032.080388584021.982135921562.06545480070.292372462518-0.332214657741-0.27169195748-0.430469248652-0.509262826652-0.3493545370880.9809701340570.9058286301620.3463076817590.3148084157150.0389741494411-0.06323303082480.4280141538960.05975970851990.354809355155-5.6125982961112.60545977247.8487675733
94.07479393345-3.84799300441.219566653032.20755311725-4.691318821017.01327704577-0.2588983475840.07919555157960.1199015810980.107923454604-0.242548421572-0.1426462995090.2681372792280.03455201432230.3237512690820.3228618995610.01209913804450.03314425789130.466561035552-0.0532112789960.399701207102-8.5329311907321.511242006910.0746866484
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29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 488 through 505 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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