登録情報 データベース : PDB / ID : 8axi 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for rapid growth on colonic mucin and nutrient sharing amongst mucin-associated human gut microbiota 要素Sialidase domain-containing protein 詳細 キーワード HYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase機能・相同性 BNR repeat-like domain / Sialidase / Sialidase superfamily / metal ion binding / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / beta-D-galactopyranose / Sialidase domain-containing protein 機能・相同性情報生物種 Akkermansia muciniphila (バクテリア)手法 X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度 : 1.25 Å 詳細データ登録者 Sakanaka, H. / Nielsen, T.S. / Pichler, M.J. / Nordberg Karlsson, E. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P. 資金援助 デンマーク, Iraq, 2件 詳細 詳細を隠す組織 認可番号 国 Danish Council for Independent Research 1026-00386B デンマーク Other government Iraq
引用ジャーナル : Nat Commun / 年 : 2023タイトル : Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria.著者: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / ... 著者 : Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / Karlsson, N.G. / Abou Hachem, M. 履歴 登録 2022年8月31日 登録サイト : PDBE / 処理サイト : PDBE改定 1.0 2023年3月1日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 2.0 2023年10月18日 Group : Advisory / Atomic model ... Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ : atom_site / atom_site_anisotrop ... atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / struct_asym / struct_conn / struct_mon_prot_cis Item : _citation.country / _citation.journal_abbrev ... _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_label_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_label_asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 解説 : Chirality error詳細 : it is a link between GAL and NGA so there should not be a problemProvider : author / タイプ : Coordinate replacement改定 2.1 2024年4月3日 Group : Database references / カテゴリ : citationItem : _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ... _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title 改定 2.2 2024年5月1日 Group : Refinement description / カテゴリ : pdbx_initial_refinement_model
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