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Yorodumi- PDB-8axi: Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8axi | |||||||||
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Title | Sialidases and Fucosidases of Akkermansia muciniphila are key for rapid growth on colonic mucin and nutrient sharing amongst mucin-associated human gut microbiota | |||||||||
Components | Sialidase domain-containing protein | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Sialidase / Neuraminidase | |||||||||
Function / homology | BNR repeat-like domain / Sialidase / Sialidase superfamily / metal ion binding / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / beta-D-galactopyranose / Sialidase domain-containing protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Akkermansia muciniphila (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.25 Å | |||||||||
Authors | Sakanaka, H. / Nielsen, T.S. / Pichler, M.J. / Nordberg Karlsson, E. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P. | |||||||||
Funding support | Denmark, Iraq, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Sialidases and fucosidases of Akkermansia muciniphila are crucial for growth on mucin and nutrient sharing with mucus-associated gut bacteria. Authors: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / ...Authors: Shuoker, B. / Pichler, M.J. / Jin, C. / Sakanaka, H. / Wu, H. / Gascuena, A.M. / Liu, J. / Nielsen, T.S. / Holgersson, J. / Nordberg Karlsson, E. / Juge, N. / Meier, S. / Morth, J.P. / Karlsson, N.G. / Abou Hachem, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8axi.cif.gz | 596.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8axi.ent.gz | 400.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8axi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8axi_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8axi_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | 8axi_validation.xml.gz | 57.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8axi_validation.cif.gz | 89.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/8axi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8axsC 8axtC 8ayrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 64320.520 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Akkermansia muciniphila (bacteria) Strain: ATCC BAA-835 / DSM 22959 / JCM 33894 / BCRC 81048 / CCUG 64013 / CIP 107961 / Muc Gene: Amuc_1547 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B2ULI1 |
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-Sugars , 3 types, 6 molecules
#2: Polysaccharide | Type: oligosaccharide / Mass: 383.349 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | #4: Sugar | |
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-Non-polymers , 4 types, 1546 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.5 / Details: MgCl2, BIS-TRIS pH 5.5, Polyethylene glycol 3350 / PH range: 5 - 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX IV / Beamline: BioMAX / Wavelength: 0.976254 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 5, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976254 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.25→51.51 Å / Num. obs: 323513 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 14.13 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 16.27 |
Reflection shell | Resolution: 1.25→1.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Num. unique obs: 17780 / CC1/2: 0.85 / Rrim(I) all: 0.713 / % possible all: 69.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: alphafold model Resolution: 1.25→50.21 Å / SU ML: 0.111 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.4046 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.25→50.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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