PDB-8awl: Fab RVFV-268

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8awl

タイトル

Fab RVFV-268

要素

Heavy chain Fab268
Light chain Fab268

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab fragment antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Hulswit, R.J.G. / Bowden, T.A. / Stass, R.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Multifunctional human monoclonal antibody combination mediates protection against Rift Valley fever virus at low doses.
著者: Chapman, N.S. / Hulswit, R.J.G. / Westover, J.L.B. / Stass, R. / Paesen, G.C. / Binshtein, E. / Reidy, J.X. / Engdahl, T.B. / Handal, L.S. / Flores, A. / Gowen, B.B. / Bowden, T.A. / Crowe Jr., J.E.

履歴

登録	2022年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8awl.cif.gz	181.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8awl.ent.gz	142.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8awl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8awl_validation.pdf.gz	797 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8awl_full_validation.pdf.gz	798.8 KB	表示
XML形式データ	8awl_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	8awl_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8awmC 5zmjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy chain Fab268

L: Light chain Fab268

ヘテロ分子

46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.382, 70.388, 129.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Heavy chain Fab268 分子量: 23633.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Light chain Fab268 分子量: 22768.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5, 20% w/v polyethylene glycol (PEG) 1,500 and 4% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→47.74 Å / Num. obs: 64027 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / Num. unique obs: 3003 / CC_1/2: 0.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZMJ

5zmj

解像度: 1.62→47.74 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	3086	4.84 %
R_work	0.2021	60640	-
obs	0.203	63726	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.07 Å² / B_iso mean: 33.4045 Å² / B_iso min: 19.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.62→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3214	0	18	201	3433
B_iso mean	-	-	87.81	35.63	-
残基数	-	-	-	-	425

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.62-1.64	0.4732	118	0.4422	2419	2537	88
1.64-1.67	0.424	115	0.4143	2679	2794	98
1.67-1.7	0.4314	135	0.4001	2712	2847	98
1.7-1.73	0.3626	128	0.358	2741	2869	100
1.73-1.76	0.3412	138	0.3234	2732	2870	99
1.76-1.8	0.3303	154	0.2786	2729	2883	100
1.8-1.84	0.286	145	0.2499	2695	2840	99
1.84-1.88	0.2422	156	0.219	2746	2902	99
1.88-1.93	0.2579	125	0.2083	2760	2885	100
1.93-1.98	0.2282	139	0.2101	2744	2883	100
1.98-2.04	0.2427	150	0.2178	2747	2897	100
2.04-2.11	0.2599	144	0.2294	2764	2908	100
2.11-2.18	0.263	126	0.2129	2786	2912	100
2.18-2.27	0.2426	169	0.2041	2750	2919	100
2.27-2.37	0.2307	133	0.2204	2765	2898	100
2.37-2.5	0.2749	134	0.2235	2793	2927	100
2.5-2.65	0.2535	140	0.2226	2787	2927	100
2.65-2.86	0.2445	137	0.2191	2827	2964	100
2.86-3.14	0.2298	144	0.2154	2802	2946	100
3.15-3.6	0.2139	152	0.1864	2823	2975	100
3.6-4.53	0.1522	147	0.1564	2862	3009	100
4.54-47.74	0.1668	157	0.1641	2977	3134	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -42.9439 Å / Origin y: -24.517 Å / Origin z: 16.5363 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2145 Å²	0.0079 Å²	0.0356 Å²	-	0.2128 Å²	-0.0044 Å²	-	-	0.1895 Å²
L	0.9335 °²	-0.0013 °²	0.6633 °²	-	0.3794 °²	-0.0058 °²	-	-	0.579 °²
S	0.0331 Å °	0.0088 Å °	-0.0235 Å °	0.0537 Å °	0.0053 Å °	0.0149 Å °	0.0023 Å °	-0.0359 Å °	-0.038 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 227
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	1 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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