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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8avr | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Racemic protein crystal structure of aureocin A53 from Staphylococcus aureus in the presence of sulfate | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Bacteriocin / D-protein / racemic / mirror-image | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Bacteriocin class II, aureocin-like / Aureocin-like type II bacteriocin / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Bacteriocin aureocin A53![]() | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Lander, A.J. / Baumann, P. / Rizkallah, P. / Jin, Y. / Luk, L.Y.P. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Roles of inter- and intramolecular tryptophan interactions in membrane-active proteins revealed by racemic protein crystallography. 著者: Lander, A.J. / Mercado, L.D. / Li, X. / Taily, I.M. / Findlay, B.L. / Jin, Y. / Luk, L.Y.P. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5994.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8GPI4 #2: タンパク質 | 分子量: 5984.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: A racemic mixture of L-Aureocin A53 and D-Aureocin A53 at 40 mg/mL concentration was mixed 1:1 with 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate and 24.5% PEG 4000 v/v precipitant condition, ...詳細: A racemic mixture of L-Aureocin A53 and D-Aureocin A53 at 40 mg/mL concentration was mixed 1:1 with 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate and 24.5% PEG 4000 v/v precipitant condition, pH 5.6 in a 1 microlitre sitting drop. Crystals were submerged in 20% PEG 400 in the precipitant solution as cryoprotectant and flash frozen in liquid nitrogen during harvesting. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9119 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→36.2 Å / Num. obs: 89417 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.15 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1958 / CC1/2: 0.787 / % possible all: 38.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2N8O 解像度: 1.13→36.198 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.097 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→36.198 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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