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- PDB-8avt: Racemic protein crystal structure of aureocin A53 from Staphyloco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8avt
タイトルRacemic protein crystal structure of aureocin A53 from Staphylococcus aureus in the presence of glycerol 3-phosphate
要素
  • Bacteriocin aureocin A53
  • D-Aureocin A53
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Bacteriocin / D-protein / racemic / mirror-image
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin class II, aureocin-like / Aureocin-like type II bacteriocin
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Bacteriocin aureocin A53
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Lander, A.J. / Baumann, P. / Rizkallah, P. / Jin, Y. / Luk, L.Y.P.
資金援助 英国, 8件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L027240/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T015799/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2017-195 英国
Royal SocietyRG170187 英国
Engineering and Physical Sciences Research Council2107414 英国
Wellcome Trust218568/Z/19/Z 英国
Royal SocietyRG170406 英国
Wellcome Trust209057/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Roles of inter- and intramolecular tryptophan interactions in membrane-active proteins revealed by racemic protein crystallography.
著者: Lander, A.J. / Mercado, L.D. / Li, X. / Taily, I.M. / Findlay, B.L. / Jin, Y. / Luk, L.Y.P.
履歴
登録2022年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: D-Aureocin A53
D: D-Aureocin A53
B: Bacteriocin aureocin A53
A: Bacteriocin aureocin A53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,80913
ポリマ－23,9574
非ポリマー8539
水6,990388
1
C: D-Aureocin A53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2144
ポリマ－5,9841
非ポリマー2303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: D-Aureocin A53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2804
ポリマ－5,9841
非ポリマー2963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Bacteriocin aureocin A53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0562
ポリマ－5,9941
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Bacteriocin aureocin A53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2583
ポリマ－5,9941
非ポリマー2642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.718, 37.239, 114.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.973, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 CDBA

#1: タンパク質 D-Aureocin A53 / Bacteriocin D-Aureocin A53


分子量: 5984.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#2: タンパク質 Bacteriocin aureocin A53


分子量: 5994.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q8GPI4

-
非ポリマー , 5種, 397分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H9O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.32 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: A racemic mixture of L-Aureocin A53 and D-Aureocin A53 at 40 mg/mL concentration was mixed 1:1 with 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M sodium citrate and 29% PEG 4000 v/v precipitant condition, pH ...詳細: A racemic mixture of L-Aureocin A53 and D-Aureocin A53 at 40 mg/mL concentration was mixed 1:1 with 0.2 M ammonium acetate, 0.2 M sodium citrate and 29% PEG 4000 v/v precipitant condition, pH 5.6 in a 1 microlitre sitting drop. The crystal was soaked with sn-glycerol-3-phosphate (334 mM in the precipitant solution) at 1:1 v/v for 24 hours (50 equivalents). Crystals were submerged in 20% PEG 400 in the precipitant solution as cryoprotectant and flash frozen in liquid nitrogen during harvesting.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.8153 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8153 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→34.531 Å / Num. obs: 96953 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4778 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2N8O

2n8o


解像度: 1.2→34.531 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.555 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2033 4912 5.067 %
Rwork0.176 92035 -
all0.177 --
obs-96947 99.866 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.065 Å2-0 Å20.108 Å2
2--0.923 Å20 Å2
3----0.864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→34.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 53 396 2153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0121825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.6262452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1881.5864278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8165205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.92523.79329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0115174
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.21675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2030.2880
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1340.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2470.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.380.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1610.227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0260.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6371.591824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6381.591823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.752.3891026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7492.3891027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7171.941999
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6261.935996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0322.7371424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0312.7391425
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.32622.8262343
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.05321.62226
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.81833674
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.2310.3013620.3196723X-RAY DIFFRACTION99.4945
1.231-1.2650.3273440.2886596X-RAY DIFFRACTION99.6554
1.265-1.3020.2773350.2516386X-RAY DIFFRACTION99.7033
1.302-1.3420.2513420.2226245X-RAY DIFFRACTION99.7577
1.342-1.3860.2073230.1896019X-RAY DIFFRACTION99.8111
1.386-1.4340.2023170.1695888X-RAY DIFFRACTION99.8873
1.434-1.4880.1843000.1475623X-RAY DIFFRACTION99.8988
1.488-1.5490.172880.1345429X-RAY DIFFRACTION99.9825
1.549-1.6180.1862840.1355235X-RAY DIFFRACTION100
1.618-1.6970.1782620.1314998X-RAY DIFFRACTION100
1.697-1.7890.1942740.134760X-RAY DIFFRACTION100
1.789-1.8970.1882610.1354448X-RAY DIFFRACTION100
1.897-2.0280.1962150.1524265X-RAY DIFFRACTION100
2.028-2.1910.1951950.1543984X-RAY DIFFRACTION99.9761
2.191-2.40.1951910.1493622X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.6830.2051620.1623332X-RAY DIFFRACTION100
2.683-3.0970.2151740.1842915X-RAY DIFFRACTION100
3.097-3.7930.1991280.1772500X-RAY DIFFRACTION100
3.793-5.3610.1821100.21941X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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