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- PDB-8atc: COMPLEX OF N-PHOSPHONACETYL-L-ASPARTATE WITH ASPARTATE CARBAMOYLT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8atc
タイトルCOMPLEX OF N-PHOSPHONACETYL-L-ASPARTATE WITH ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE. X-RAY REFINEMENT, ANALYSIS OF CONFORMATIONAL CHANGES AND CATALYTIC AND ALLOSTERIC MECHANISMS
要素
  • ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
  • ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
キーワードTRANSFERASE (CARBAMOYL-P / ASPARTATE)
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding ...aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase ...Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ke, H. / Lipscomb, W.N. / Cho, Y. / Honzatko, R.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Complex of N-phosphonacetyl-L-aspartate with aspartate carbamoyltransferase. X-ray refinement, analysis of conformational changes and catalytic and allosteric mechanisms.
著者: Ke, H.M. / Lipscomb, W.N. / Cho, Y.J. / Honzatko, R.B.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structural Consequences of Effector Binding to the T State of Aspartate Carbamoyltransferase. Crystal Structures of the Unligated and ATP-, and Ctp-Complexed Enzymes at 2.6-Angstroms Resolution
著者: Stevens, R.C. / Gouaux, J.E. / Lipscomb, W.N.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Crystal Structures of Aspartate Carbamoyltransferase Ligated with Phosphonoacetamide, Malonate, and Ctp or ATP at 2.8-Angstroms Resolution and Neutral Ph
著者: Gouaux, J.E. / Stevens, R.C. / Lipscomb, W.N.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Crystal Structures of Phosphonoacetamide Ligated T and Phosphonoacetamide and Malonate Ligated R States of Aspartate Carbamoyltransferase at 2.8-Angstroms Resolution and Neutral Ph
著者: Gouaux, J.E. / Lipscomb, W.N.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989
タイトル: Structural Transitions in Crystals of Native Aspartate Carbamoyltransferase
著者: Gouaux, J.E. / Lipscomb, W.N.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Structure of a Single Amino Acid Mutant of Aspartate Carbamoyltransferase at 2.5-Angstroms Resolution. Implications for the Cooperative Mechanism
著者: Gouaux, J.E. / Lipscomb, W.N. / Middleton, S.A. / Kantrowitz, E.R.
#6: ジャーナル: Science / 年: 1988
タイトル: Escherichia Coli Aspartate Transcarbamylase. The Relation between Structure and Function
著者: Kantrowitz, E.R. / Lipscomb, W.N.
#7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Three-Dimensional Structure of Carbamoyl Phosphate and Succinate Bound to Aspartate Carbamoyltransferase
著者: Gouaux, J.E. / Lipscomb, W.N.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structural Asymmetry in the Ctp-Liganded Form of Aspartate Carbamoyltransferase from Escherichia Coli
著者: Kim, K.H. / Pan, Z. / Honzatko, R.B. / Ke, H. / Lipscomb, W.N.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: 2.5 Angstroms Structure of Aspartate Carbamoyltransferase Complexed with the Bisubstrate Analog N-(Phosphonacetyl)-L-Aspartate
著者: Krause, K.L. / Volz, K.W. / Lipscomb, W.N.
#10: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1987
タイトル: The Catalytic Mechanism of Escherichia Coli Aspartate Carbamoyltransferase. A Molecular Modelling Study
著者: Gouaux, J.E. / Krause, K.L. / Lipscomb, W.N.
#11: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: Structure at 2.9-Angstroms Resolution of Aspartate Carbamoyltransferase Complexed with the Bisubstrate Analogue N-(Phosphonacetyl)-L-Aspartate
著者: Krause, K.L. / Volz, K.W. / Lipscomb, W.N.
#12: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1984
タイトル: Structure of Unligated Aspartate Carbamoyltransferase of Escherichia Coli at 2.6-Angstroms Resolution
著者: Ke, H. / Honzatko, R.B. / Lipscomb, W.N.
#13: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystal and Molecular Structures of Native and Ctp-Liganded Aspartate Carbamoyltransferase from Escherichia Coli
著者: Honzatko, R.B. / Crawford, J.L. / Monaco, H.L. / Ladner, J.E. / Edwards, B.F.P. / Evans, D.R. / Warren, S.G. / Wiley, D.C. / Ladner, R.C. / Lipscomb, W.N.
#14: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Interactions of Phosphate Ligands with Escherichia Coli Aspartate Carbamoyltransferase in the Crystalline State
著者: Honzatko, R.B. / Lipscomb, W.N.
#15: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Interactions of Metal-Nucleotide Complexes with Aspartate Carbamoyltransferase in the Crystalline State
著者: Honzatko, R.B. / Lipscomb, W.N.
#16: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Gross Quaternary Changes in Aspartate Carbamoyltransferase are Induced by the Binding of N-(Phosphonacetyl)-L-Aspartate. A 3.5-Angstroms Resolution Study
著者: Ladner, J.E. / Kitchell, J.P. / Honzatko, R.B. / Ke, H.M. / Volz, K.W. / Kalb(Gilboa), A.J. / Ladner, R.C. / Lipscomb, W.N.
#17: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1979
タイトル: A 3.0-Angstroms Resolution Study of Nucleotide Complexes with Aspartate Carbamoyltransferase
著者: Honzatko, R.B. / Monaco, H.L. / Lipscomb, W.N.
#18: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1978
タイトル: Three-Dimensional Structures of Aspartate Carbamoyltransferase from Escherichia Coli and of its Complex with Cytidine Triphosphate
著者: Monaco, H.L. / Crawford, J.L. / Lipscomb, W.N.
#19: ジャーナル: STRUCTURE AND CONFORMATION OF NUCLEIC ACIDS AND PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS : PROCEEDINGS OF THE FOURTH ANNUAL HARRY STEENBOCK SYMPOSIUM, JUNE 16-19, 1974, MADISON, WISCONSIN
年: 1975
タイトル: Binding Site at 5.5 Angstroms Resolution of Cytidine Triphosphate, the Allosteric Inhibitor of Aspartate Transcarbamylase from Escherichia Coli. Relation to Mechanisms of Control
著者: Lipscomb, W.N. / Edwards, B.F.P. / Evans, D.R. / Pastra-Landis, S.C.
#20: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1973
タイトル: Aspartate Transcarbamoylase from Escherichia Coli. Electron Density at 5.5 Angstroms Resolution
著者: Warren, S.G. / Edwards, B.F.P. / Evans, D.R. / Wiley, D.C. / Lipscomb, W.N.
履歴
登録1989年8月25日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
B: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
C: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
D: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4608
ポリマ－102,8194
非ポリマー6414
水16,790932
1
A: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
B: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
C: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
D: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
ヘテロ分子

A: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
B: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
C: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
D: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
ヘテロ分子

A: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
B: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
C: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN
D: ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,38124
ポリマ－308,45812
非ポリマー1,92312
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area31700 Å2
ΔGint-108.2 kcal/mol
Surface area103800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.110, 122.110, 156.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 268 AND PRO C 268 ARE CIS-PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE (R STATE), CATALYTIC CHAIN


分子量: 34337.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE REGULATORY CHAIN


分子量: 17072.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7F3
#3: 化合物 ChemComp-PAL / N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / PALA


分子量: 255.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10NO8P
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 %
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: dialyze
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-18 mg/mlprotein solution11
250 mMmaleic acid12
350 mMN-ethylmorpholine12
41 mMPALA12
53 mM12NaN3

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / Num. obs: 51500 / % possible obs: 84.7 % / Rmerge F obs: 2 / Num. measured all: 415000

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→8 Å / Rfactor obs: 0.165
詳細: THERE IS A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS WHICH RELATES THE *A* AND *B* CHAINS TO THE *C* AND *D* CHAINS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7106 0 34 932 8072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d00.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d00.037
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d00.055
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.51.599
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.82.815
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.32.396
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it44.085
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr00.011
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.10.149
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.20.206
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.20.243
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.20.224
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor22.1
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1717.7
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor3131.1
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. reflection obs: 40697 / Rfactor obs: 0.165
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0550.06
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1490.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5991.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.3962
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.8152
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.0853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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