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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8are | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the peptide binding protein, OppA, from Bacillus subtilis in complex with a PhrE-derived pentapeptide | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / Peptide-binding protein Phr peptide Sporulation Bacillus subtilis | ||||||
機能・相同性 | ![]() establishment of competence for transformation / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane raft 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hughes, A. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Peptide transport in Bacillus subtilis - structure and specificity in the extracellular solute binding proteins OppA and DppE. 著者: Hughes, A.M. / Darby, J.F. / Dodson, E.J. / Wilson, S.J. / Turkenburg, J.P. / Thomas, G.H. / Wilkinson, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8arnC ![]() 8ay0C ![]() 8azbC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59231.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Recombinant protein expressed in E. coli. Truncated by 16 residues at N-terminus with vestigial GPA sequence from purification tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 168 / 遺伝子: oppA, spo0KA, BSU11430 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 576.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Recombinant protein expressed in E. coli. Truncated by 16 residues at N-terminus with vestigial GPA sequence from purification tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 168 / 遺伝子: phrE, BSU25840 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: Crystals of BsOppA in complex with Ser-Arg-Asn-Val-Thr where grown from the products of an isothermal titration calorimetry experiment. This recovered material was fed into a crystallisation ...詳細: Crystals of BsOppA in complex with Ser-Arg-Asn-Val-Thr where grown from the products of an isothermal titration calorimetry experiment. This recovered material was fed into a crystallisation screening experiment in MRC-Wilden 96 well plates. A single crystal of BsOppA-SRNVT was grown from 0.1 M SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, glycine) 25% (w/v) PEG 1500 pH 4.0, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→52.263 Å / Num. obs: 37997 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.955 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.206 / Rrim(I) all: 0.313 / Net I/σ(I): 3.2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: OppA-SNSS 解像度: 1.9→52.263 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / WRfactor Rfree: 0.321 / WRfactor Rwork: 0.259 / SU B: 8.531 / SU ML: 0.221 / Average fsc free: 0.8603 / Average fsc work: 0.8809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.206 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.642 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→52.263 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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