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- PDB-8ara: Heterologous Complex of Aeromonas hydrophila Type III secretion s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ara
タイトルHeterologous Complex of Aeromonas hydrophila Type III secretion substrate AscX with Yersinia enterocolitica chaperone YscY
要素
  • AscX
  • Chaperone protein YscY
キーワードCHAPERONE / Type III Secretion System / T3SS / SctX / SctY
機能・相同性Type III secretion system YscX / Type III secretion system chaperone, YscY / Type III secretion system YscX (type_III_YscX) / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / cytoplasm / ACETATE ION / Chaperone protein YscY / AscX
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gilzer, D. / Kowal, J.L. / Niemann, H.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: The type III secretion chaperone SctY may shield the hydrophobic export gate-binding C-terminus of its substrate SctX.
著者: Gilzer, D. / Kowal, J.L. / Flottmann, F. / Niemann, H.H.
履歴
登録2022年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein YscY
B: AscX
C: Chaperone protein YscY
D: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6318
ポリマ－49,3524
非ポリマー2794
水1,838102
1
A: Chaperone protein YscY
B: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8635
ポリマ－24,6762
非ポリマー1873
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area10310 Å2
手法PISA
2
C: Chaperone protein YscY
D: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7683
ポリマ－24,6762
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.318, 94.852, 101.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Chaperone protein YscY / Yop proteins translocation protein Y


分子量: 14077.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yscY / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C2N2
#2: タンパク質 AscX


分子量: 10598.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues GAM remain after TEV cleavage of the N-terminal MBP-tag.
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: ascX / プラスミド: pETM-40 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q699R5

-
非ポリマー , 4種, 106分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: reservoir solution: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 10 %(w/v) PEG4000; protein: 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM TCEP; drop size: 0.66 uL protein + 0.33 uL reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→94.85 Å / Num. obs: 14883 / % possible obs: 75.79 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 29.21 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 744 / CC1/2: 0.859 / Rpim(I) all: 0.307 / Rrim(I) all: 0.938 / % possible all: 29

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20200131データ削減
STARANISO2.3.92 (17-Feb-2023)データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QIH

7qih


解像度: 2.3→44.7 Å / SU ML: 0.2675 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6253
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 745 5.02 %
Rwork0.1903 14094 -
obs0.1929 14839 75.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2865 0 17 102 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00282943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47013975
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0309437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.62781111
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.480.2656600.23311176X-RAY DIFFRACTION32.12
2.48-2.730.30221050.23061931X-RAY DIFFRACTION53.13
2.73-3.130.2651770.2273376X-RAY DIFFRACTION91.76
3.13-3.940.24321980.18113734X-RAY DIFFRACTION99.97
3.94-44.70.21712050.17183877X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.371178461371.972958754360.7315515483014.036088762291.67712237383.002455592430.0819448371545-0.7198604588240.667248766261.58916651138-0.100998687942-0.0294922266494-0.0794410584684-0.08890674178650.08608962986680.5899246570370.0804785508978-0.0191388816380.2473401923850.002662712020450.39879145473827.406911311482.128142432986.6296652608
24.656840618911.65438573282-0.6626779313142.927112154080.09839656714162.08540830453-0.0560361197899-0.3631244402850.3709478282560.52185468559-0.0362584986868-0.239618488595-0.3065971238910.382228514918-0.03591770709440.5123896334680.10705910897-0.1222504139250.247499741784-0.07005884449280.3425355273234.365316482374.092008814285.596232286
38.209446876242.939906580552.263650765013.1472286755-1.804801917853.892235441920.033566946048-0.2810745892590.2392453858960.502275281024-0.451955004192-1.07928002436-0.07174504009430.5517221042050.3289432124990.7230628266610.0791839912619-0.2228835103550.3767585294670.05406688776630.57637244717439.013960758964.213741183193.171782984
42.53373677128-1.198588928330.6401655530183.428396085730.1017086251594.6185844155-0.25786835662-0.6603617060050.121070668210.7810618262630.169535550858-0.7219748745130.07392310774160.1568467908830.07565223809160.5722602217140.00329147329104-0.2525728941920.3510913705780.09333942398330.43807857057935.232333278554.264427879297.6124603946
52.76235336035-1.53522624270.2596871872471.83643842969-1.946146359013.325255088450.5218379020410.534555709861-0.265186691143-0.359866587974-0.4411330006920.455207192620.233558387231-0.510869805208-0.119745068140.64130297930.0428562420846-0.1662431838140.4276878407820.03235428897950.32374422517826.800781210455.825558578489.3624914306
69.603311701924.53308857506-2.958451120595.85016121197-1.18001182072.64393637856-0.1015811204210.2971702208090.453270692528-0.08787987643530.0289779159857-0.0330335370746-0.249397160264-0.2212215188980.09441913054830.549750505680.119351771589-0.04783781528610.236247895566-0.08222085159410.31920513485125.827226633587.356771300981.9705885611
78.930068362564.796306194354.542371786648.609027545694.310550870163.636440957080.2972070846750.9029006491640.377684572452-0.004369807632520.327587683589-0.864059150747-0.5010655804440.835098223385-0.445109603910.5955034659190.03688095571930.06601650274410.377806170559-0.004658160540660.58807095843636.936419379185.168051073177.1104576567
82.579811079451.981691293331.621761796835.79747580168-1.061182935792.296647318220.0838525512215-0.7014281740240.9740606055370.366967934583-0.01804774722930.847018306226-1.03901792863-0.53307042148-0.1485066598150.4913258451330.02738765894520.05945171404880.414636144904-0.07807618472630.43096194212417.748628243479.019883589777.4029960572
91.3855525665-0.7071044419630.3920290445582.179575357560.1804612505272.794414031860.0307723095707-0.0736148338539-0.4221280097510.293657184343-0.05889003681140.05402416557070.107156624609-0.2601187600220.0445265627490.256790311889-0.009874539103840.02663685972150.1049320509330.0444638471190.27027815012916.253294963861.577359228765.4925386174
102.24459623364-1.575069465650.5612190311091.63826968289-0.3633060416312.61092914133-0.00679575560540.0691450581587-0.04213144874470.041986303498-0.1378304969820.194211756118-0.3404080915-0.2236815083610.1020437053370.204300523516-0.0136856123184-0.03029920293540.1504232686270.008483999935110.19699088270812.245075157674.216428719955.7868929248
114.714980424522.01712904366-0.2840110581825.33692387088-0.4785000733575.61572331284-0.0663398874931-0.2229526932320.75849811680.498749889876-0.1465815485370.23535156497-0.7139457698240.005906776251580.03763882990960.244881370350.0280422624953-0.07714963471740.140211376688-0.008536369216120.2677764042416.7237279934387.697853293255.9563805856
122.183727314273.15741349594-3.101472093594.85386788471-4.780929136454.717492753770.0595583543113-1.51251884768-0.3279207003271.151676603150.8186761131921.39032961557-1.06699504635-0.279917534091-0.7050042829190.9087131620.327269742630.2052977036611.371371702390.01085719911791.06452228372-4.44556670488.221637846355.405347839
130.749057424787-0.8618921235960.03463090117031.28685104454-0.5424020885052.54690514107-0.13338784762-0.3382118997330.2232686927510.2407031071120.0230607360183-0.1303364107870.1614971152520.428316212941-1.96073241240.871421743448-0.138111594213-0.2812655777810.7006228145830.01023125411260.38429906196610.293760155294.00173795964.6274837252
143.55207432451-3.003957715312.299148440653.24427247312-2.403283975031.78916359855-0.0857910848903-0.5883442499790.1252476478251.29184588598-0.01482123883090.74880292513-0.1089192238770.0774270069467-0.2977217814350.5680559857280.013165719070.07195341579380.352439105555-0.01649313882430.26619555522710.856817579176.184078722669.1619314493
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 22 )AA2 - 221 - 21
22chain 'A' and (resid 23 through 59 )AA23 - 5922 - 58
33chain 'A' and (resid 60 through 93 )AA60 - 9359 - 92
44chain 'A' and (resid 94 through 110 )AA94 - 11093 - 109
55chain 'B' and (resid 45 through 60 )BE45 - 601 - 16
66chain 'B' and (resid 61 through 88 )BE61 - 8817 - 34
77chain 'B' and (resid 89 through 104 )BE89 - 10435 - 50
88chain 'B' and (resid 105 through 121 )BE105 - 12151 - 67
99chain 'C' and (resid 3 through 39 )CH3 - 391 - 37
1010chain 'C' and (resid 40 through 93 )CH40 - 9338 - 91
1111chain 'C' and (resid 94 through 109 )CH94 - 10992 - 107
1212chain 'C' and (resid 110 through 114 )CH110 - 114108 - 112
1313chain 'D' and (resid 45 through 49 )DK45 - 491 - 5
1414chain 'D' and (resid 50 through 74 )DK50 - 746 - 20
1515chain 'D' and (resid 75 through 91 )DK75 - 9121 - 37
1616chain 'D' and (resid 92 through 121 )DK92 - 12138 - 67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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