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- PDB-7qih: Complex of the Yersinia enterocolitica Type III secretion protein... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qih | ||||||
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Title | Complex of the Yersinia enterocolitica Type III secretion proteins YscX and YscY | ||||||
![]() |
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![]() | CHAPERONE / Type III Secretion System / T3SS / SctX / SctY | ||||||
Function / homology | Type III secretion system YscX / Type III secretion system chaperone, YscY / Type III secretion system YscX (type_III_YscX) / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / extracellular region / cytoplasm / Chaperone protein YscY / Yop proteins translocation protein X![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gilzer, D. / Niemann, H.H. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Direct interaction of a chaperone-bound type III secretion substrate with the export gate. Authors: Gilzer, D. / Schreiner, M. / Niemann, H.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 128.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 456 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qiiC ![]() 7qijC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14077.914 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: YscY with N-terminal hexahistidine tag / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 8653.756 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminally truncated YscX / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: Protein Concentration: 3-5 mg/mL; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM TCEP; Reservoir Solution: 0.1 M BisTris pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 13-21 % PEG 3350; Drop Ratio: 0.33 uL ...Details: Protein Concentration: 3-5 mg/mL; Protein Buffer: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM TCEP; Reservoir Solution: 0.1 M BisTris pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 13-21 % PEG 3350; Drop Ratio: 0.33 uL Reservoir + 0.66 uL Protein PH range: 5.5-6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→45.62 Å / Num. obs: 27713 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 12.78 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→2.03 Å / Redundancy: 11.29 % / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 4312 / CC1/2: 0.446 / Rrim(I) all: 2.941 / % possible all: 98 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: AlphaFold2 model Resolution: 1.92→45.62 Å / SU ML: 0.3125 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.4098 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→45.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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