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Yorodumi- PDB-8arc: Heterologous Complex of Aeromonas hydrophila Type III secretion s... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8arc | ||||||
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Title | Heterologous Complex of Aeromonas hydrophila Type III secretion substrate AscX with Photorhabdus luminescens subsp. laumondii LscY | ||||||
Components |
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Keywords | CHAPERONE / Type III Secretion System / T3SS / SctX / SctY | ||||||
Function / homology | Type III secretion system YscX / Type III secretion system chaperone, YscY / Type III secretion system YscX (type_III_YscX) / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / cytoplasm / BROMIDE ION / AscX / Type III secretion protein SctY Function and homology information | ||||||
Biological species | Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (bacteria) Aeromonas hydrophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Gilzer, D. / Niemann, H.H. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023 Title: The type III secretion chaperone SctY may shield the hydrophobic export gate-binding C-terminus of its substrate SctX. Authors: Gilzer, D. / Kowal, J.L. / Flottmann, F. / Niemann, H.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8arc.cif.gz | 189.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8arc.ent.gz | 126.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8arc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8arc_validation.pdf.gz | 464 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8arc_full_validation.pdf.gz | 469.2 KB | Display | |
Data in XML | 8arc_validation.xml.gz | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8arc_validation.cif.gz | 19.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8arc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8arc | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8araC 8arbC 7qihS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/1008 / Data set type: diffraction image data |
Experimental dataset #2 | Data reference: 10.15151/ESRF-DC-1101658626 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 13401.528 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii TTO1 (bacteria) Gene: sctY, plu3762 / Plasmid: pACYCDuet-1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q7N0W7 #2: Protein | Mass: 8607.969 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal residues GAM remain after TEV-cleavage of the N-terminal MBP-tag. Source: (gene. exp.) Aeromonas hydrophila (bacteria) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q699R5 #3: Chemical | ChemComp-BR / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.73 Å3/Da / Density % sol: 29 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: reservoir solution: 0.15 M KBr, 24-26%(w/v) PEG2000 monomethyl ester; protein: 5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP; drop size: 0.66 uL protein + 0.33 uL reservoir |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9187 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 2, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9187 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→48.8 Å / Num. obs: 32409 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 1.99 % / Biso Wilson estimate: 44.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 8.64 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 2393 / CC1/2: 0.588 / Rrim(I) all: 1.295 / % possible all: 94.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7QIH Resolution: 2.1→48.75 Å / SU ML: 0.2865 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.7251 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.75 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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