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Yorodumi- PDB-8ara: Heterologous Complex of Aeromonas hydrophila Type III secretion s... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ara | ||||||
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Title | Heterologous Complex of Aeromonas hydrophila Type III secretion substrate AscX with Yersinia enterocolitica chaperone YscY | ||||||
Components |
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Keywords | CHAPERONE / Type III Secretion System / T3SS / SctX / SctY | ||||||
Function / homology | Type III secretion system YscX / Type III secretion system chaperone, YscY / Type III secretion system YscX (type_III_YscX) / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / cytoplasm / ACETATE ION / Chaperone protein YscY / AscX Function and homology information | ||||||
Biological species | Yersinia enterocolitica (bacteria) Aeromonas hydrophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Gilzer, D. / Kowal, J.L. / Niemann, H.H. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023 Title: The type III secretion chaperone SctY may shield the hydrophobic export gate-binding C-terminus of its substrate SctX. Authors: Gilzer, D. / Kowal, J.L. / Flottmann, F. / Niemann, H.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ara.cif.gz | 192.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ara.ent.gz | 128.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ara.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ara_validation.pdf.gz | 467.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8ara_full_validation.pdf.gz | 468.4 KB | Display | |
Data in XML | 8ara_validation.xml.gz | 15 KB | Display | |
Data in CIF | 8ara_validation.cif.gz | 20.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8ara ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8ara | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8arbC 8arcC 7qihS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/1007 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 14077.914 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia enterocolitica (bacteria) / Gene: yscY / Plasmid: pACYCDuet-1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P0C2N2 #2: Protein | Mass: 10598.231 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal residues GAM remain after TEV cleavage of the N-terminal MBP-tag. Source: (gene. exp.) Aeromonas hydrophila (bacteria) / Gene: ascX / Plasmid: pETM-40 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q699R5 |
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-Non-polymers , 4 types, 106 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: reservoir solution: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 10 %(w/v) PEG4000; protein: 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM TCEP; drop size: 0.66 uL protein + 0.33 uL reservoir |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9919 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 20, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→94.85 Å / Num. obs: 14883 / % possible obs: 75.79 % / Redundancy: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 29.21 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 744 / CC1/2: 0.859 / Rpim(I) all: 0.307 / Rrim(I) all: 0.938 / % possible all: 29 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7QIH Resolution: 2.3→44.7 Å / SU ML: 0.2675 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.6253 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→44.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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