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万見
- PDB-8ar3: Solution structure of TLR9 transmembrane and cytoplasmic juxtamem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ar3
タイトルSolution structure of TLR9 transmembrane and cytoplasmic juxtamembrane regions
要素Toll-like receptor 9
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to chloroquine / positive regulation of intestinal epithelial cell development / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / detection of molecule of bacterial origin / regulation of B cell differentiation / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / endolysosome / cellular response to metal ion / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production ...cellular response to chloroquine / positive regulation of intestinal epithelial cell development / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / detection of molecule of bacterial origin / regulation of B cell differentiation / Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / endolysosome / cellular response to metal ion / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production / maintenance of gastrointestinal epithelium / positive regulation of B cell activation / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / positive regulation of interleukin-18 production / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / unmethylated CpG binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / siRNA binding / early phagosome / endolysosome membrane / interleukin-1 receptor binding / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of immunoglobulin production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / PI3K Cascade / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of chemokine production / positive regulation of autophagy / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / male gonad development / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / basolateral plasma membrane / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / endosome / endosome membrane / defense response to bacterium / apical plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat unit / Leucine-rich repeat / TIR domain / Leucine Rich repeat / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily ...Leucine-rich repeat unit / Leucine-rich repeat / TIR domain / Leucine Rich repeat / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Kornilov, F.D. / Shabalkina, A.V. / Goncharuk, M.V. / Goncharuk, S.A. / Arseniev, A.S. / Mineev, K.S.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation22-14-0020 ロシア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The architecture of transmembrane and cytoplasmic juxtamembrane regions of Toll-like receptors.
著者: Kornilov, F.D. / Shabalkina, A.V. / Lin, C. / Volynsky, P.E. / Kot, E.F. / Kayushin, A.L. / Lushpa, V.A. / Goncharuk, M.V. / Arseniev, A.S. / Goncharuk, S.A. / Wang, X. / Mineev, K.S.
履歴
登録2022年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8061
ポリマ－5,8061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, no extra NOE peaks, NMR relaxation study, values of tau c of alpha helix residues conform to monomer assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Toll-like receptor 9


分子量: 5805.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR9, UNQ5798/PRO19605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR96

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic constant time
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HNCA
171isotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic12D CBHD aromatic
1121isotropic13D (H)CCH-COSY aromatic
2132anisotropic22D 1H-15N HSQC
2142anisotropic22D 1H-15N IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle11000 uM [U-13C; U-15N] protein, 119 mM LPPC, 41 mM LPPG, 20 mM potassium phosphate, 5 mM TCEP, 1 mM TSP, 95% H2O/5% D2O15N13C_sample95% H2O/5% D2O
micelle2180 uM [U-15N] protein, 84 mM LPPC, 22 mM LPPG, 30 mM potassium phosphate, 5 mM TCEP, 1 mM TSP, 28 mg/mL dGpG, 80 mM potassium chloride, 0.05 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N_sample_forRDC95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1000 uMprotein[U-13C; U-15N]1
119 mMLPPCnatural abundance1
41 mMLPPGnatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
5 mMTCEPnatural abundance1
1 mMTSPnatural abundance1
180 uMprotein[U-15N]2
84 mMLPPCnatural abundance2
22 mMLPPGnatural abundance2
30 mMpotassium phosphatenatural abundance2
5 mMTCEPnatural abundance2
1 mMTSPnatural abundance2
28 mg/mLdGpGnatural abundance2
80 mMpotassium chloridenatural abundance2
0.05 % w/vsodium azidenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpHPH err圧 (kPa)温度 (K)
150 mMconditions_main70.1AMBIENT atm318 K
2170 mMconditions_RDC70.1AMBIENT atm318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpin3Bruker Biospin解析
CARA1.9.7.1Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.9.7.1Keller and Wuthrichpeak picking
qMDD3.2Maxim Mayzel, Krzysztof Kazimierczuk, Vladislav Orekhov解析
PyMOLSchrodinger, Inc.データ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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